辦公廳、規劃與財務司、政策法規司、行政體制與人事司、科技標準司、汙染控制司、自然生態保護司（總局生物多樣性保護辦公室）、核安全管理司（輻射安全管理司）、環境影響評價管理司、環境監察局、國際合作司、機關黨委。
國家級的管理環保公司的有哪些部門
環境保護部環境應急與事故調查中心、環境保護部機關服務中心、中國環境科學研究院、中國環境監測總站、中日友好環境保護中心、中國環境報社、中國環境科學出版社、環境保護部核與輻射安全中心、環境保護部環境保護對外合作中心、環境保護部南京環境科學研究所、環境保護部華南環境科學研究所、環境保護部環境規劃院、環境保護部環境工程評估中心、環境保護部北京會議與培訓基地、環境保護部興城環境管理研究中心、環境保護部北戴河環境技術交流中心。
派出機構有：
環境保護部華東環境保護督查中心、環境保護部華南環境保護督查中心、環境保護部西北環境保護督查中心、環境保護部西南環境保護督查中心、環境保護部東北環境保護督查中心、環境保護部北方核與輻射安全監督站、環境保護部上海核與輻射安全監督站、環境保護部廣東核與輻射安全監督站、環境保護部四川核與輻射安全監督站、環境保護部東北核與輻射安全監督站、環境保護部西北核與輻射安全監督站。
社會團體有：
中國環境科學學會、中國環境保護產業協會、中華環境保護基金會、中國環境文化促進會、中國環境新聞工作者協會、中華環保聯合會。