壹、對象範圍不同
住房公積金的建立範圍基本上是各單位的全體在職職工，離退休職工不建立;住房補貼的發放對象範圍是各單位的無房職工和住房面積未達到其職級所對應的住房補貼面積標準的職工，包括離退休職工，是全體職工中(符合特定條件)的壹部分職工。
二、構成不同
住房公積金是由職工個人從工資中扣繳和單位資助兩部分構成;住房補貼是由單位單方面給予職工的資助，不需職工個人從工資中作扣繳。
1、在某種情況下，住房公積金等同於住房補貼。企事業單位實行住房分配貨幣化時，既可以采取建立補充住房公積金的形式，也可以采取直接發放住房補貼的形式。因此在單位采取建立補充住房公積金的形式實行貨幣化時，此時在職工原有住房公積金繳存額基礎上新補充的住房公積金部門實質上就是住房補貼。
2、單位用於資助職工的住房公積金和住房補貼的資金來源相同。這兩種資金的來源都是首先立足於單位原有住房基金劃轉，不足部門區分單位不同性質分別由財政預算撥付或列支成本費用。
3、住房公積金與住房補貼資金的管理和使用基本相同。目前住房補貼資金是必須要在住房資金管理中心系統開立職工住房補貼賬戶，比照住房公積金進行專戶存儲和專項使用的，與住房公積金分別核算。兩者在具體的資金管理模式和使用方向上基本壹致。
4、住房公積金與住房補貼在稅收優惠上是相同的。職工的該兩項資金均免征個人所得稅。
5、住房公積金與住房補貼在所有權歸屬上是相同的。職工個人帳戶中的住房公積金以及住房補貼均歸職工個人所有。
6、對於機關事業單位(還包括參照機關住房分配貨幣化模式的企事業單位)的無房或未達標老職工而言，領取的住房補貼多少與職工何時建立住房公積金有關。老職工是指1998年年底前參加工作的職工(包括1998年年底前離退休的職工)。機關無房老職工的住房補貼由壹次性補貼和按月補貼兩部門組成，其中壹次性補貼的計算公式是：壹次性補貼額=(職工1998年月均標準工資*1999年度月住房補貼系數)+(1999年度工齡補貼額*職工建立住房公積金制度前工齡*住房補貼面積標準);機關住房未達標老職工領取差額補貼，差額補貼額計算公式是：差額補貼額=(1999年度基準補貼額+1999年度工齡補貼額*職工建立住房公積金前的工齡)*差額面積。因此，從公式可見，機關老職工(住房達標者除外)無論是無房還是住房未達標，其住房公積金的建立時間，關系到其領取的住房補貼額的多少，雖然這種影響可能並不大。
7、在目前新的住房分配制度下，職工解決住房問題的途徑，主要是利用包括住房公積金、住房補貼、工資及積蓄在內的資金，並通過住房貸款的支持來解決。即住房公積金和住房補貼是新的住房分配制度下職工解決住房問題的兩個重要資金來源。
8、住房補貼就是國家為職工人員解決住房問題給予補貼資金，將單位原有用建房，購房資金轉化為住房補貼，這個是分次數比如按月，或者是壹次性發給職工人員，再由職工人員到住房市場上通過購買或者租賃等方式解決住房問題。國家對於享受住房補貼個稅問題規定，對職工人員還沒有享受到國家福利分房政策，或者已享受國家福利分房沒有達到規定面積標準，單位會按照國家或者地方政府規定有壹定補貼標準，壹次性按照每月計入職工個人所在住房公積金管理中心專用賬戶進行住房補貼。
9、住房公積金是國家機關和國有企業以及城鎮集體企業等事業單位為在職職工繳納長期住房金。住房公積金建立範圍基本上都是在各單位全體在職員工，有離職或者已退休員工不建立，住房補貼發放對象是各單位無房職工與住房面積沒有達到對應住房面積標準員工，業包含離退休職工，是全體職工中符合特定條件壹部分職工。
3、住房公積金是由員工個人工資和單位資助壹起繳納分為兩部分組成，所以員工個人也需要繳納壹部分，然而住房補貼是由單位給到員工資助，這項不是從員工個人工資裏扣繳納，住房補貼是為了解決員工住房問題，住房公積金則是為了解決員工退休或者失去勞動能力以後居住問題。
三、住房補貼和住房公積金有何聯系：
1、在某種情況下，住房公積金等同於住房補貼。企事業單位實行住房分配貨幣化時，既可以采取建立補充住房公積金的形式，也可以采取直接發放住房補貼的形式。因此在單位采取建立補充住房公積金的形式實行貨幣化時，此時在職工原有住房公積金繳存額基礎上新補充的住房公積金部門實質上就是住房補貼。
2、單位用於資助職工的住房公積金和住房補貼的資金來源相同。這兩種資金的來源都是首先立足於單位原有住房基金劃轉，不足部門區分單位不同性質分別由財政預算撥付或列支成本費用。
3、住房公積金與住房補貼資金的管理和使用基本相同。目前住房補貼資金是必須要在住房資金管理中心系統開立職工住房補貼賬戶，比照住房公積金進行專戶存儲和專項使用的，與住房公積金分別核算。兩者在具體的資金管理模式和使用方向上基本壹致。
4、住房公積金與住房補貼在稅收優惠上是相同的。職工的該兩項資金均免征個人所得稅。
5、住房公積金與住房補貼在所有權歸屬上是相同的。職工個人帳戶中的住房公積金以及住房補貼均歸職工個人所有。
6、對於機關事業單位(還包括參照機關住房分配貨幣化模式的企事業單位)的無房或未達標老職工而言，領取的住房補貼多少與職工何時建立住房公積金有關。老職工是指1998年年底前參加工作的職工(包括1998年年底前離退休的職工)。機關無房老職工的住房補貼由壹次性補貼和按月補貼兩部門組成，其中壹次性補貼的計算公式是：壹次性補貼額=(職工1998年月均標準工資*1999年度月住房補貼系數)+(1999年度工齡補貼額*職工建立住房公積金制度前工齡*住房補貼面積標準);機關住房未達標老職工領取差額補貼，差額補貼額計算公式是：差額補貼額=(1999年度基準補貼額+1999年度工齡補貼額*職工建立住房公積金前的工齡)*差額面積。因此，從公式可見，機關老職工(住房達標者除外)無論是無房還是住房未達標，其住房公積金的建立時間，關系到其領取的住房補貼額的多少，雖然這種影響可能並不大。
7、在目前新的住房分配制度下，職工解決住房問題的途徑，主要是利用包括住房公積金、住房補貼、工資及積蓄在內的資金，並通過住房貸款的支持來解決。即住房公積金和住房補貼是新的住房分配制度下職工解決住房問題的兩個重要資金來源。
法律依據：
《住房公積金管理條例》
第五條 住房公積金應當用於職工購買、建造、翻建、大修自住住房，任何單位和個人不得挪作他用。
第十九條 職工個人繳存的住房公積金，由所在單位每月從其工資中代扣代繳。
單位應當於每月發放職工工資之日起5日內將單位繳存的和為職工代繳的住房公積金匯繳到住房公積金專戶內，由受委托銀行計入職工住房公積金賬戶。