在重點項目實施過程中，項目負責人和項目組成員應保持穩定。確需變更的，項目負責人應及時提交變更申請及相應的變更材料，經項目依托單位簽字後，報科學主管部門審批。
具有高級專業技術職務的人員不得因申請或參與申請新的重大、重點項目而退出正在實施的重點項目。第二十二條重點項目在實施中期，科學部應采取專家會議或通訊評審等適當方式檢查項目進展和經費使用情況，並根據項目發展趨勢對後期研究工作提出建議。鼓勵類似領域的項目集中交流和評論。
科學部根據同行專家的意見完成中期檢查報告。對原批準經費需要調整的項目，科學部將在中期檢查報告中提出經費調整方案，經科學部負責人審核、規劃局復核後，報科學管委會主任批準。根據審批結果，科學部向項目依托單位和項目負責人發出基金調整通知。第二十三條在項目實施過程中，科學部負責對項目進行跟蹤管理，出現以下情況應采取相應措施:
(壹)對不按時提交或不按批準通知要求編寫計劃或擅自降低研究目標的項目，可視情況暫停；情節嚴重的，經委員會負責人批準，予以撤銷。
(二)不按時提交年度進展報告，不認真開展研究工作，擅自改變研究計劃或資金使用不當的，暫停資助並要求項目負責人糾正。當年7月15前提交年度進展報告或及時改進工作的，經審核後可於下半年恢復辦理資助手續；尚未改正的，可以視情節暫停或者撤銷。第二十四條因故不能按期完成研究計劃的項目，項目負責人可以申請延期壹年或者兩年。項目延期申請報告應由項目依托單位至少在項目原執行期結束前兩個月簽署，並提交主管科學部，經批準後辦理相關手續。第二十五條重點項目的成果管理應當按照《條例》的相關要求執行。自然科學基金委員會在項目完成後三年內仍將對項目進行跟蹤管理，項目負責人應將相關專著和論文被引用情況、新發表情況、獲獎研究成果及推廣效益等向科學主管部報告。