獲資助創新研究群體在接到批準資助通知後壹個月內，交報研究工作計劃，由學術帶頭人填寫《創新研究群體科學基金研究計劃》（以下簡稱《研究計劃》）壹式兩份，經所在單位審查後報自然科學基金委對口科學部，科學部審查後，壹份送計劃局核定，由自然科學基金委財務局撥款。
獲資助創新研究群體每年應由學術帶頭人填寫《創新研究群體科學基金年度進展報告》（以下簡稱《年度進展報告》）壹式兩份，於次年1月15日前，經所在單位審查後報自然科學基金委對口科學部。科學部審查並簽署意見後，壹份送計劃局。
獲資助的創新研究群體，在執行資助計劃同時應編制較詳細的網頁，向科技界公布網址，通過網絡系統與國內外同行溝通，保持開放、活躍的工作狀態。
在資助期內，由科學部組織對獲資助創新研究群體實施動態跟蹤管理，了解、掌握他們的工作狀態，協助解決研究中遇到的問題，營造良好的學術環境。每年至少有壹次小型學術研討會，與國內外同行進行學術交流，促進研究工作。
資助期限結束後3個月內，由分管委主任和有關科學部主任主持組成考核小組，采取適當的方式對資助對象進行業績考核，對研究工作成績顯著，工作狀態好的創新研究群體可提出以適當方式給予延續、穩定的支持。
獲資助創新研究群體中成員發表、出版與創新研究群體科學基金資助有關的論文、著作、學術報告，以及鑒定、上報成果等，均應標註國家自然科學基金資助字樣。
研究群體的學術帶頭人因特殊原因不能繼續履行職責時，所在單位應及時向對口科學部報告。科學部根據具體情況提出處理意見，由自然科學基金委審批。