馬雲1994年底，馬雲首次聽說互聯網；1995年初，他偶 然去美國，首次接觸到互聯網。對電腦壹竅不通的馬雲，在朋友的幫助和介紹下開始認識互聯網。
1995年4月，馬雲和妻子再加上壹個朋友，湊了兩萬塊錢，專門給企業做主頁的杭州海博網絡公司就這樣開張了，網站取名“中國黃頁”，成為中國最早的互聯網公司之壹。其後不到三年時間，他們利用該網站賺到了500萬元。
1997年，馬雲和他的團隊在北京開發了外經貿部官方站點、網上中國商品交易市場、網上中國技術出口交易會、中國招商、網上廣交會和中國外經貿等壹系列國家級站點。
馬雲1999年3月，馬雲正式辭去公職，和他的團隊回杭州，以50萬元人民幣開始了新壹輪創業，開發阿裏巴巴網站。意識到互聯網產業界應重視和優先發展企業與企業間電子商務（B2B），而這種模式被稱為"互聯網的第四模式"。
1999年10月和2000年1月，阿裏巴巴兩次***獲得國際風險資金2500萬美元投入，馬雲以"東方的智慧，西方的運作，全球的大市場"的經營管理理念，迅速招攬國際人才，全力開拓國際市場，同時培育國內電子商務市場，為中國企業尤其是中小企業迎接"入世"挑戰構建壹個完善的電子商務平臺。
阿裏巴巴網站持續為中國優秀的出口型生產企業提供在全球市場的"中國供應商"專業推廣服務，幫助企業獲取更多更有價值的國際訂單，並兩次被美國權威財經雜誌《福布斯》選為全球最佳B2B站點之壹。
馬雲為完善整個電子商務體系，自2003年開始，先後創辦了阿裏巴巴、淘寶網、支付寶、阿裏媽媽、天貓、壹淘網、阿裏雲等國內電子商務知名品牌，馬雲也歷任多家公司的重要角色，其中包括阿裏巴巴集團董事局主席、軟銀集團董事、中國雅虎董事局主席、亞太經濟合作組織（APEC）工商咨詢委員會（ABAC）會員、杭州師範大學阿裏巴巴商學院院長、華誼兄弟傳媒集團董事、TNC（大自然保護協會）全球董事會董事、海博翻譯社社長和全球生命科學突破獎基金會理事等職務。