上海李連傑壹基金公益基金會
為保證公益項目更高效地實施，在中國紅十字總會、上海市民政局等多方主管機構的指導和支持下，非公募機制的上海李連傑壹基金公益基金會於2008年10月註冊成立。作為“中國紅十字會李連傑壹基金計劃”的執行機構，上海李連傑壹基金公益基金會嚴格按照《基金會管理條例》開展各項業務活動，向“中國紅十字會李連傑壹基金計劃”進行專項的匯報與結算，並接受年度審計。
在中國香港地區，壹基金集中資源發展公益人才教育項目，合作設立培訓中心，資助中國內地公益領袖以及社會企業家的學習深造，並積極參與香港地區的公益項目。 深圳壹基金公益基金會
2010年12月3日，壹基金在深圳落地，獲深圳市民政局批準，正式成立深圳壹基金公益基金會。自此，壹基金擁有了獨立從事公募活動的法律資格。深圳壹基金註冊原始基金為5000萬元，發起機構為上海李連傑壹基金公益基金會、老牛基金會、騰訊公益慈善基金會、萬通公益基金會及萬科公益基金會，每家發起機構出資1000萬元。深圳壹基金理事會由十壹人組成（李連傑、周其仁、王石、柳傳誌、馬蔚華、馬雲、馬化騰、牛根生、馮侖、周惟彥、楊鵬），監事由四人組成（劉東華、宋立新、馬宏、張敏）。周其仁擔任深圳壹基金理事長和法人代表，王石擔任執行理事長，馬宏擔任監事長，楊鵬擔任秘書長。作為壹基金的創始人，李連傑將擔任永久理事。
理事會是深圳壹基金公益基金會的決策機構，秘書處是執行機構。
2011年1月11日，深圳壹基金召開第壹屆理事會並正式啟動。
“中國紅十字會李連傑壹基金計劃”及“上海李連傑壹基金公益基金會”已清算註銷，其項目、資金及工作人員已由深圳壹基金公益基金會承接。