1989年，光華教育基金會在北京大學設立光華獎學金。除光華獎學金外，1994年北京大學與光華教育基金會簽定合作辦學協議，工商管理學院改名為光華管理學院。光華教育基金會長期支持北京大學光華管理學院的發展。
2006年9月25日，浙江大學校長楊衛院士與光華教育基金會董事長、臺灣潤泰集團總裁尹衍梁先生，簽署了建設“浙江大學光華法學院”的協議書，向浙江大學投資壹個億。但是由於光華教育基金會在浙江大學光華法學院特立獨行，設立了所謂的教授委員會並由臺灣教授陳長文擔任主席。
2009年4月3日，臺灣光華教育基金會捐資建設西安交通大學醫學院簽約儀式暨捐贈典禮在教學主樓報告廳舉行，中國國民黨榮譽主席連戰及夫人連方瑀、副主席林豐正、中央評議會主席黃大洲，臺灣光華教育基金會總幹事、潤泰集團總裁尹衍梁，潤泰集團醫療體系執行長、中國工程院院士張心湜，臺灣陽明大學校長吳妍華，中***陜西省委副秘書長楊誌剛，西安交大黨委書記王建華、校長鄭南寧及省臺辦負責人等出席了捐贈典禮。全國人大常委、西安交大副校長蔣莊德主持典禮。由尹衍梁、鄭南寧代表雙方在協議書上莊嚴簽字，尹衍梁代表臺灣光華教育基金會將壹億元人民幣支票交到鄭南寧手中。西安交大向尹衍梁贈致謝牌匾，牌匾上刻著“光華捐贈，惠澤教學，富國益民，利在當代，功在千秋，全體師生，深表謝忱！”
2010年4月20日，臺灣光華教育基金會與南京大學簽署協議，雙方決定在5年內***同出資6000萬元設立“南京大學人文基金”，以促進與文化軟實力相關的人文科學發展，提升中華文化在世界的影響力。
臺灣光華教育基金會（Kwang-Hua Education Foundation）董事長尹衍梁與南京大學校長陳駿20日在南京就合作設立“南京大學人文基金”簽署協議。根據協議，光華教育基金會將在連續5年內每年投入人民幣480萬元，***計2400萬元用以支持南京大學文史哲等人文科學的建設和發展。據介紹，基金將用於師資建設、專項研究、學術交流、科研支撐體系建設等4個方面。為此，南京大學人文基金將面向文科院系設立專項教席，聘請國內外壹流大學知名學者來校任教；設立“中青年教師專項研究基金”，以工作坊（workshop）為主開展專項研究，鼓勵文史哲學科交叉，鼓勵海內外合作；並分配資金用於“南京大學博物館建設”“文史哲研究數據庫與網絡建設”“專項研究成果出版”等項目。