1. 國家自然科學基金重點項目：西南亞高山人工針葉林的更新機制及其對全球氣候變化的影響（30530630），2006-2009年
2. 國家973項目專題：長江上遊典型山地退化生態系統健康診斷與恢復技術研究（G200046802-05），2000-2005年
3. 國家重大科技攻關課題：岷江上遊山地退化生態系統重建技術與示範（2001BA606A-05-01），2001-2005年（第二負責人）
4. 國家科技支撐計劃項目子課題：岷江上遊幹旱河谷（藏/羌）坡地生態經濟農林復合技術體系構建與示範（2008BAD98B06-3），2008-2010年
5. 中國科學院知識創新工程“西部行動計劃”重大項目：岷江上遊山地生態系統的退化過程與恢復研究（KZCX2-XB2-02），2005-2010年（首席科學家）
6. 中國科學院知識創新重大項目課題：岷江上遊典型退化生態系統植被恢復重建的關鍵技術及試驗（KSCX1-07-02-02），2000-2004年
7. 中國科學院知識創新工程重要方向性項目課題：植被恢復人工調控研究（KSCX2-YW-N-066-03），2007-2010年
8. 中國科學院知識創新工程重要方向性項目課題：氣候變暖對西南亞高山針葉林根際生態過程的影響（KSCX2-YW-Z1023），2010-2011年
9. 中國科學院“西部之光”項目：川西亞高山退化針葉林植被恢復的關鍵技術試驗示範研究，2001-2003年
10. 中國科學院“西部之光”項目：川西亞高山人工針葉林更新調控技術的試驗研究，2006-2008年
11. 中鐵二院集團公司（橫向）項目：新建鐵路成蘭線（哈達鋪）對陸生生態與生物多樣性的影響研究，2008-2009年
12. 中國水電顧問集團公司（橫向）項目：金沙江下遊水電梯級開發對陸生生態與生物多樣性的影響專題研究，2008-2009年
13. 中國科學院戰略性先導科技專項子課題：西南山地灌叢碳匯研究（XDA01050303），2011－2015年