事業單位應當嚴格區分財政補助結轉結余和非財政補助結轉結余。財政補助結轉結余不參與事業單位的結余分配，不轉入事業基金，單獨設置“財政補助結轉”和“財政補助結余”科目核算。非財政補助結轉結余通過設置“非財政補助結轉”、“事業結余”、“經營結余”、“非財政補助結余分配”等科目核算。
(壹)財政補助結轉結余的核算
財政補助結轉資金是指當年支出預算已執行但尚未完成或因故未執行，下年需按原用途繼續使用的財政補助資金。財政補助結轉包括基本支出結轉和項目支出結轉。
財政補助結余資金是指支出預算工作目標已完成，或由於受政策變化，計劃調整等因素影響工作終止，當年剩余的財政補助資金。財政補助結余是財政補助項目支出結余資金。
事業單位應當按照有關部門預算管理的規定，使用和管理財政補助結轉資金和結余資金。
1.財政補助結轉的核算
事業單位設置“財政補助結轉”科目，核算滾存的財政補助結轉資金。該科目下設置“基本支出結轉”、“項目支出結轉”兩個明細科目，並在“基本支出結轉”明細科目下按照“人員經費”、“日常公用經費”進行明細核算，在“項目支出結轉”明細科目下按照具體項目進行明細核算;本科目還應按照《政府收支分類科目》中“支出功能分類科目”的相關科目進行明細核算。
(1)會計期末，事業單位應當將財政補助收入和對應的財政補助支出結轉入“財政補助結轉”科目。
(2)年末，完成上述財政補助收支結轉後，應當對財政補助各明細項目執行情況進行分析，按照有關規定將符合財政補助結余性質的項目余額轉入財政補助結余，
借記或貸記“財政補助結轉--項目支出結轉”科目，
貸記或借記“財政補助結余”科目。
(3)按規定上繳財政補助結轉資金或註銷財政補助結轉額度的，按照實際上繳資金數額或註銷的資金額度數額，借記“財政補助結轉”科目，貸記“財政應返還額度”、“零余額賬戶用款額度”、“銀行存款”等科目。取得主管部門歸集調入財政補助結轉資金或額度的，做相反會計分錄。
2.財政補助結余的核算
事業單位設置“財政補助結余”科目，核算事業單位滾存的財政補助項目支出結余資金。
(1)年末，對財政補助各明細項目執行情況進行分析，按照有關規定將符合財政補助結余性質的項目余額轉入財政補助結余，
借記或貸記“財政補助結轉-項目支出結轉”科目，
貸記或借記“財政補助結余”科目。
(2)按規定上繳財政補助結余資金或註銷財政補助結余額度的，按照實際上繳資金數額或註銷的資金額度數額，
借記“財政補助結余”科目，
貸記“財政應返還額度”、“零余額賬戶用款額度”、“銀行存款”等科目。
取得主管部門歸集調入財政補助結轉資金或額度的，做相反會計分錄。
(二)非財政補助結轉的核算
非財政補助結轉資金是指事業單位除財政補助收支以外的各專項資金收入與其相關支出相抵後剩余滾存的、須按規定用途使用的結轉資金，通過設置“非財政補助結轉”科目核算，以滿足專項資金專款專用的管理要求。
(1)期末，事業單位應當將除財政補助收支以外的各專項資金收支結轉入“非財政補助結轉”科目。根據事業收入、上級補助收入、附屬單位上繳收入、其他收入本期發生額中的專項資金收入，
借記“事業收入”、“上級補助收入”、“附屬單位上繳收入”、“其他收入”科目下各專項資金收入明細科目，
貸記“非財政補助結轉”科目;根據事業支出、其他支出本期發生額中的非財政專項資金支出，
借記“非財政補助結轉”科目，
貸記“事業支出壹非財政專項資金支出”或“事業支出-項自支出(非財政專項資金支出)”、“其他支出”科目下各專項資金支出明細科目。
(2)年末，完成非財政補助專項資金結轉後，應當對非財政補助專項結轉資金各項目情況進行分析，將已完成項目的項目剩余資金區分以下情況處理：繳回原專項資金撥入單位的，借記“非財政補助結轉”科目，貸記“銀行存款”等科目;留歸本單位使用的，
借記“非財政補助結轉”科目，
貸記“事業基金”科目。
(三)非財政補助結余的核算
非財政補助結余包括事業結余和經營結余。事業結余是事業單位壹定期間除財政補助收支、非財政專項資金收支和經營收支以外各項收支相抵後的余額。經營結余是事業單位壹定期間各項經營收支相抵後余額彌補以前年度經營虧損後的余額。
1.事業結余的核算
事業單位設置“事業結余”科目。期末，事業單位應當結轉本期事業收支。
年末，將“事業結余”科目余額結轉入“非財政補助結余分配”科目，
借記或貸記“事業結余”科目，
貸記或借記“非財政補助結余分配”科目。
2.經營結余的核算
事業單位設置“經營結余”科目。期末，事業單位應當結轉本期經營收支。
年末，如“經營結余”科目為貸方余額，將余額結轉入“非財政補助結余分配”科目，
借記“經營結余”科目，
貸記“非財政補助結余分配”科目;
註意：如為借方余額，為經營虧損，不予結轉。
3.非財政補助結余分配的核算
事業單位設置“非財政補助結余分配”科目，核算事業單位本年度非財政補助結余分配的情況和結果。年末，將“事業結余”科目余額與“經營結余”科目貸方余額轉入“非財政補助結余分配”科目後，要按照規定進行結余分配。有企業所得稅繳納義務的事業單位計算出應繳納的企業所得稅，
借記“非財政補助結余分配”科目，
貸記“應繳稅費-應繳企業所得稅”科目
。按照有關規定提取職工福利基金的，按提取的金額，
借記“非財政補助結余分配”科目，
貸記“專用基金--職工福利基金”科目。
然後，將“非財政補助結余分配”科目余額結轉入事業基金，
借記或貸記“非財政補助結余分配”科目，
貸記或借記“事業基金”科目。