為了保護羅布泊獨特的沙漠生態系統和自然地貌，維護珍稀沙漠生物物種的自然棲息地，拯救世界上僅存於中國和蒙古的極度瀕危物種——野駱駝，早在1986年9月，新疆維吾爾自治區政府就批準建立了“阿爾金山野駱駝自然保護區”(省級)。1995-2001期間，中國政府和聯合國環境規劃署(UNEP)聯合組成科學考察隊，先後6次深入阿爾金山-羅布泊地區，行程近4萬公裏，對我國主要駱駝分布區，如嘎順戈壁、阿西克河谷、阿爾金山北麓、塔克拉瑪幹沙漠東部、中蒙邊境地區等進行了科學考察。由於羅布泊北部戈壁地區的野駱駝與家養駱駝距離較遠，被認為是世界上僅存的純基因野生雙峰駝種群，具有較高的科研和保護價值。為此，聯合國環境規劃署(UNEP)和國家環保總局通過聯合國全球基金(GEF)投資75萬美元建設野駱駝保護區，保護區的建設也得到了世界野駱駝保護基金會和英國電器公司的資助。2000年5月，新疆維吾爾自治區人民政府以新政函[2000]72號文批準將該自然保護區更名、擴建為“阿爾金山-羅布泊野駱駝自然保護區”，2003年6月，經國務院批準，該自然保護區升級為國家級自然保護區。保護區的建設是中國履行《生物多樣性公約》的具體體現。
羅布泊野駱駝國家級自然保護區地處溫帶和暖溫帶荒漠地區，氣候幹旱，植被稀疏，自然條件惡劣。在惡劣的自然環境中，仍然有許多獨特的珍稀荒漠動植物物種，它們不僅具有特殊的基因類型，而且是羅布泊脆弱生態系統的重要組成部分。