最早的對沖基金是哪壹支，這還不確定。在20世紀20年代美國的大牛市時期，這種專門面向富人的投資工具數不勝數。其中最有名的是本傑明·格雷厄姆和傑裏·紐曼創立的格雷厄姆·紐曼合夥公司基金。
2006年，沃倫·巴菲特在壹封致美國金融博物館（Museumof American Finance）雜誌的信中宣稱，20世紀20年代的格雷厄姆·紐曼合夥公司基金是其所知最早的對沖基金，但其他基金也有可能更早出現。
在1969—1970年的經濟衰退期和1973—1974年股市崩盤時期，很多早期的基金都損失慘重，紛紛倒閉。20世紀70年代，對沖基金壹般專攻壹種策略，大部分基金經理都采用做多/做空股票模型。70年代的衰退時期，對沖基金壹度乏人問津，直到80年代末期，媒體報道了幾只大獲成功的基金，它們才重回人們的視野。
20世紀90年代的大牛市造就了壹批新富階層，對沖基金遍地開花。交易員和投資者更加關註對沖基金，是因為其強調利益壹致的收益分配模式和“跑贏大盤”的投資方法。接下來的十年中，對沖基金的投資策略更加層出不窮，包括信用套利、垃圾債券、固定收益證券、量化投資、多策略投資等等。
21世紀的前十年，對沖基金再次風靡全球，2008年，全球對沖基金持有的資產總額已達1.93萬億美元。然而，2008年的信貸危機使對沖基金受到重創，價值縮水，加上某些市場流動性受阻，不少對沖基金開始限制投資者贖回。