需要設立專項應付款科目來結算。下面是壹典型的處理案例：
創新基金帳務舉例
壹、基金申請情況：
東方科技有限責任公司2004年6月經批準取得XX項目創新基金無償資助總額200萬元。
基金資助合同規定，項目投資總額為800萬元，在創新基金合同簽訂時，已完成投資額100萬元，計劃新增投資700萬元，其中創新基金資助200萬元（先行撥付140萬元，剩余的60萬元將視項目進展及驗收情況再予撥付）。
合同規定2004—2005年期間，XX項目應實現銷售收入8000萬元、繳稅總額400萬元、利潤總額800萬元。
二、 基金合同執行情況：
1、基金撥款情況：
2004年10月收到科委撥款140萬元，存入開戶銀行新設帳戶。
2、項目研發支出情況：
2004年7月—2006年6月，XX項目新增研發費用750萬元。經辨認，符合創新基金合同資助費用有：
設備購置費30萬元、支付外單位協作費40萬元、材料購置費60萬元、支付市場調研費10萬元。發放研發人工費30萬元、支付培訓費20萬元、分攤燃料動力費10萬元。其他費用550萬元。其余研發費用需要企業自籌資金承擔。
3、項目銷售情況：
2004年7月—2006年6月，XX項目取得銷售收入9000萬元、發生銷售成本5400萬元。
同期，企業主營業務收入總額10000萬元、主營業務成本6500萬元、銷售費用600萬元、稅金及附加40萬元、管理費用1000萬元、財務費用100萬元、實現增值稅400萬元、城建稅28萬元、教育費附加12萬元、企業所得稅264萬元，凈利潤1496萬元。
2006年7月該項目經市科委驗收合格、批準調帳，2006年9月收到科委撥付剩余創新基金60萬元。
三、會計分錄：
1、2004年10月收到科委撥款140萬元
借：銀行存款 140萬元
貸：專項應付款—XX項目創新基金 140萬元
2、項目支出750萬元
（1）設備購置費30萬元：
借：固定資產－XX項目 30萬元
貸：銀行存款（應付帳款） 30萬元
（2）開支其他研發費用720萬元：
借：生產成本－XX項目開發及試制費-材料費等 720萬元
貸：銀行存款（應付帳款、應付工資等） 720萬元
3、項目產品投產：
（3）借：生產成本－XX項目生產成本-材料費等 5400萬元
貸：銀行存款（應付帳款、應付工資等） 5400萬元
4、取得項目銷售收入：
借：銀行存款（應收帳款） 10530萬元
貸：主營業務收入—XX項目 9000萬元
應繳稅金—應交增值稅—銷項稅 1530萬元
5、結轉研發費用：
借：管理費用—XX項目開發及試制費 550萬元
貸：生產成本－XX項目開發及試制費 550萬元
6、結轉項目銷售成本：
借：主營業務成本—XX項目 5400萬元
貸：生產成本－XX項目生產成本 5400萬元
7、項目完成：
借：專項應付款－XX項目創新基金 170萬元
貸：生產成本－XX項目開發及試制費（基金支出部分） 170萬元
8、項目驗收合格：
借：專項應付款－XX項目創新基金 30萬元
貸：資本公積－撥款轉入（XX項目） 30萬元
9、收到科委撥付的基金尾款
借：銀行存款 60萬元
貸：專項應付款—XX項目創新基金 60萬元