在科研方面，傅教授長期從事醫院感染和戰傷感染的防治工作，在國內率先將RPAD技術應用於醫院感染病原微生物的基因分型，率先將基因工程抗體技術引入戰傷感染的治療和研究。在科學研究上，傅教授站在本學科的前沿，瞄準世界先進水平，註重研究成果的創新性和實用性，註重學科間的交叉結合。早在10多年前，傅教授就與學校化學教研室合作研究了用於血氨測定的組織傳感器，其中就包含了傅教授創新、實用、跨學科科研意識的萌芽。近年來，傅教授充分發揮這種科研意識，創造性地將傳感器技術、生物芯片技術和分子生物學技術相結合，立足於臨床實驗診斷的終極目標，開展了“應時壓電諧振傳感器陣列、生物芯片及自動檢測儀”的研究工作。芯片不追求高密度，追求臨床實驗診斷的實用性。有限的目標是確定臨床腫瘤、遺傳性疾病和病原微生物的基因診斷以及微量蛋白質和激素的檢測。通過微加工技術在應時基底上制備數十個應時壓電諧振傳感器微陣列，結合不同的分子探針，傳感器與待測樣品的目標分子相互作用後，實時監測分子間的相互作用，通過相應的軟件分析數據後得到相關目標分子的定性和定量信息。該項目因其獨創性和實用性，先後兩次獲得國家自然科學基金面上項目的資助，並被列為國家科委“九五”重點研究項目和1999重慶市重點研究項目。同時，由於生物芯片及其探測器具有潛在的軍事醫學應用價值，得到了軍隊九五、十五重點項目和重慶市重點項目的資助。截至目前，該項目已獲得250多萬元科研經費支持。目前，應時壓電諧振陣列生物芯片的研究和加工工藝優化已經完成，諧振電路、頻差電路、溫度補償電路、路徑轉換電路、信號檢測電路以及相關的數據分析、處理和報告軟件已經開發成功。探測器樣機已進入調試階段。該項目連續三次參加重慶高新技術博覽會，吸引了眾多廠商和投資者的廣泛關註和投資熱情。同時，傅應邀在第三屆重慶高新技術產業博覽會上作“基因芯片與未來臨床實驗室”的專題學術報告。由於傅教授的辛勤工作，科研工作取得了豐碩的成果。在國內外發表論文50余篇(其中國外5篇)，編著學術專著5部，獲軍隊科技進壹步獎1項，軍隊科技進步二等獎1項，軍隊科技進步三等獎3項，省市科技進步獎9項。1996因在感染研究方面的突出貢獻獲得第三屆“吳階平醫學獎”。當選為世界感染控制聯盟(IFIC)委員(中國區代表)，全國醫院感染控制委員會副主任委員，全軍醫院感染委員會副主任委員，重慶市檢委會副主任委員，全軍繼續教育委員會副主任委員(醫院感染專業)。
付教授十分重視教學工作，關心系職工的在職繼續教育。在本科生教學中，根據《實驗診斷學》的實踐特點，探索“大班教學與小組病案討論相結合”的教學模式，經常利用典型病例舉辦學術講座，使學生熟練掌握臨床常見疾病的實驗室診斷技能，並對檢驗報告做出合理解釋。在研究生教學中註重培養他們的創新意識，要求他們根據學科前沿進行選課。傅教授的研究生論文學術水平較高，其中1獲“重慶市優秀碩士論文”獎。