截至2012年12月，北醫擁有1個國家重點實驗室，1個國家工程實驗室，29個省部級重點實驗室和研究中心。成立了糖尿病研究中心、醫學遺傳學中心、衰老研究中心、感染病研究中心、系統生物醫學研究所、臨床研究所、醫學信息學中心、中國衛生發展研究中心等研究機構 。
國家重點實驗室：天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室
國家工程實驗室：口腔數字化醫療技術和材料國家工程實驗室
教育部重點實驗室：分子心血管學教育部重點實驗室、神經科學教育部重點實驗室、惡性腫瘤發病機制及轉化研究教育部重點實驗室、視覺損傷與修復教育部重點實驗室、慢性腎臟病防治教育部重點實驗室、輔助生殖教育部重點實驗室
教育部工程研究中心：再生醫學教育部工程研究中心
衛生部重點實驗室：衛生部精神衛生學重點實驗室、衛生部神經科學重點實驗室、衛生部腎臟疾病重點實驗室、衛生部醫學免疫重點實驗室、衛生部心血管分子生物學與調節肽重點實驗室、衛生部生育健康重點實驗室
衛生部工程研究中心：衛生部口腔醫學計算機應用工程技術研究中心
北京市重點實驗室：皮膚病分子診斷北京市重點實驗室、造血幹細胞移植治療血液病研究北京市重點實驗室、丙型肝炎和肝病免疫治療北京市重點實驗室、脊柱疾病研究北京市重點實驗室、生殖內分泌與輔助生殖技術北京市重點實驗室、磁***振成像設備與技術北京市重點實驗室、惡性腫瘤轉化研究北京市重點實驗室、食品安全毒理學研究與評價北京市重點實驗室、蛋白質修飾與細胞功能北京市重點實驗室、兒科遺傳性疾病分子診斷與研究北京市重點實驗室、肝硬化肝癌外科基礎研究北京市重點實驗室、骨與軟組織腫瘤診治研究北京市重點實驗室、癡呆診治轉化醫學研究北京市重點實驗室等 2014年度，醫學部***獲批973/重大科學研究、863計劃、科技支撐、衛生公益性行業專項等國家科技計劃項目（課題）28項，經費1.25億元。其中，張強牽頭的重大科學研究項目獲滾動支持，張強獲聘重大科學研究計劃項目首席科學家；陸林獲聘973計劃項目首席科學家。李立明牽頭的衛生公益性行業專項獲得滾動支持。陶勇獲得醫學部在863計劃領域第壹個青年科學家專題項目。
2014年度獲批國家自然科學基金303項，批準經費1.9億元。其中，第壹醫院楊勇、陳旻，口腔醫院鄧旭亮獲國家傑出青年科學基金資助；第三醫院王樂今申報的國家重大科研儀器研制項目“植入式青光眼眼壓監測與微引流智能儀器的研究”獲準立項，批準經費710萬元。
黃曉軍牽頭的《移植後白血病復發及移植物抗宿主病新型防治體系建立及應用》、郭衛牽頭的《原發惡性骨腫瘤的規範化切除及功能重建的系列研究》兩項成果獲得2014年度國家科技進步二等獎。
2014年度SCI數據庫收錄的以北京大學醫學部為第壹作者或通訊作者單位的文章總數為1930篇，北醫的科研論文產出數量和質量逐年遞增，文章總數較去年的1456篇增長了32.6%，在國際著名期刊上發表的高水平文章的影響因子也逐年提高。黃曉軍團隊在《NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICIN》雜誌上發表通訊；喬傑團隊在《NATURE》雜誌上發表研究論文；紀立農團隊在《LANCET》雜誌上發表綜述；尹玉新團隊在《CELL METABOLISM》雜誌上發表研究論文。
2014年科研合同簽約462項，簽約資金12405萬元。基礎醫學院王凡教授的技術成果《新型特異性腫瘤顯像劑》，以3000萬元簽約資金，成功轉讓給廣東某藥業 。 館藏資源 北京大學醫學圖書館源於1922年7月成立的國立北京醫學專門學校圖書館。藏書以生物及醫藥衛生類為主，截至2010年5月，圖書館***有各類藏書70余萬冊（含附屬醫院圖書館）。收藏有中外文紙本期刊近4000種，其中中外文現刊781種。有電子期刊25198種,其中生物醫學類電子期刊5000余種。圖書館特藏包括珍、善本古代圖書，其中有中國大陸唯壹珍善本手抄本《太平聖惠方》壹部十函***100卷100冊。
1985年，國家教育部在醫學部建立了全國唯壹的醫學外國教材中心。1991年，圖書館被衛生部確定為文獻資源***享網絡系統華北地區中心館。1993年被衛生部醫學情報工作管理委員會確認為科研成果查新定點單位（北京大學醫學信息咨詢中心）。1998年教育部決定在北京大學醫學部設立中國高等教育文獻保障系統（CALIS）全國醫學文獻信息中心，作為“211工程”醫藥重點學科所需文獻的保障基地。2010年5月，被評為BALIS原文傳遞學科服務館，成為六家學科服務館之壹 。 學術刊物 期刊雜誌名稱 主辦單位 創刊時間 地位 北京大學學報（醫學版）北京大學1959年被各檢索系統收錄情況： 國外：美國醫學文獻分析和聯機檢索系統、美國EBSCO、美國化學文摘數據庫及其《化學文摘》、俄羅斯《文摘雜誌》和世界衛生組織《醫學增補文摘》收錄、世界衛生組織西太平洋地區醫學索引、日本科學技術振興機構文獻數據庫。 國內：中國科技論文與引文數據庫、中國科學引文數據庫、中國生物醫學文獻數據庫、中文生物醫學期刊文獻數據庫和中文核心期刊要目總覽（第5版）核心期刊。也是《中國醫學文摘》、《中國生物學文摘》和《中國藥學文摘》收錄期刊。本刊全文入編萬方數字化期刊全文數據庫、中國期刊網和中國學術期刊（光盤版）全文數據庫。
獲獎情況： 1992年全國優秀科技期刊評比三等獎，1997年第二屆全國優秀科技期刊評比二等獎，2004年全國高校優秀科技期刊評比壹等獎，首屆中國高校精品科技期刊獎，第二屆中國高校精品科技期刊獎，第三屆中國高校精品科技期刊獎，2003年百種中國傑出學術期刊，2004年百種中國傑出學術期刊，2005年百種中國傑出學術期刊，2006年百種中國傑出學術期刊 。 中國生物化學與分子生物學報 中國臨床藥理學雜誌中國藥學會1985年全國壹級學術刊物、中文核心期刊 。中國藥物依賴性雜誌 中國生育健康雜誌北京大學2002年衛生部直屬單位專業技術職稱評審的核心期刊 。中國藥學（英文版）中國藥學會1992年為中國科技核心期刊（中國科技論文統計源期刊）、《化學文摘》、美國《烏利希期刊指南》、英國《國際農業與生物科學研究中心》、波蘭《哥白尼索引》、荷蘭《文摘與引文數據庫》、《中國期刊全文專題數據庫》等文摘及數據庫收錄 。中國微創外科雜誌北京大學2001年----------- 中國介入心臟病學雜誌北京大學1993年國家級科技核心期刊 。中國血液凈化中華醫學會醫院管理學會 國家級重點學術期刊、血液凈化專業類核心期刊、中國學術期刊綜合評價數 據庫統計源期刊、萬方數據資源系統全文收錄期刊、被“中文 生物醫學期刊文獻數據庫-CMCC”收錄 。中國斜視與小兒眼科雜誌 1993年自1996年起被編入《中國學術期刊光盤版》，1999年進入國家科技部“中國科技論文統計源期刊 。中華醫學科研管理雜誌中華醫學會醫學科研管理學會1988年1999年12月，經國務院新聞辦、國家新聞出版總署審核備案，本刊由《中國期刊網》、《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄。同時，作為《中國學術期刊綜合評價數據庫》來源期刊全文收錄 。中國糖尿病雜誌北京大學 入選2001年“中國期刊方陣”之“雙效”期刊 。中華圍產醫學雜誌中華醫學會1998年自2000年起被《中國核心期刊（遴選）數據庫》、《中國學術期刊（光盤版）》、《中國科學文獻引量評價研究中心》全文收錄 。中國新生兒科雜誌北京大學1986年為“中國科技論文統計源期刊”、“中國科技核心期刊” 。中華醫學教育雜誌 生理科學進展中國生理學會1957年入選《美國醫學索引》、《美國化學文摘》、中國科學引文數據庫、國家科技部中國科技論文統計源期刊、中文核心期刊要目總覽、中國生物醫學核心期刊、中國學術期刊（光盤版）、中國期刊網、萬方數據資源系統數字化期刊群等 。中國心理衛生雜誌 中國疼痛醫學雜誌 醫院管理論壇