區別如下：
1、時間期限不同：當年余額是當年壹年所剩的余額，歷年余額是幾年累積所剩的余額。即當年余額就是當年充的費用所剩余額，歷年余額是指由之前幾年所剩余額積攢所剩余額。
2、使用範圍不同：
當年賬戶裏面的錢可以用來支付門診、急診、院前急救、定點零售藥店購藥的費用。
歷年賬戶中的錢可以用來支付門診、急診（含院前急救）自負段的醫療費用以及附加基金支付後剩余部分的醫療費用。
定點醫療藥店買藥、住院起伏標準線以下的醫療費和起付標準以上按規定個人自負的醫療費、門診大病和家庭病床醫療費中按規定個人自負的醫療費用。
歷年賬戶金額的適用範圍更廣，凡是需要個人負擔的部分、醫保無法報銷的部分都可以使用，但當年賬戶金額的使用範圍就要窄了很多。
3、金額不同：歷年賬戶的余額高於當年賬戶余額。
擴展資料：
當年余額會轉成歷年余額的個人賬戶余額計算方法：
1、歷年賬戶＝（本年度個人醫保繳費合計+單位繳費加入個人賬戶金額-本年度年初預註額+本年度末賬戶余額-上年度扣減額+本年度醫保調整額+其他保險轉入額）×（1+利率）
2、當年賬戶＝下年度預註月記賬額×12+個人賬戶單位繳費部分計入標準+[本年度清算額（如本年度清算額為負數）
具體例子如下:公司職員小張辦理了包括門診統籌待遇在內的基本醫療保險，他2012年度繳費基數為2000元。
公司每月從其個人工資中代扣40元繳納醫療保險費（參加基本醫療保險的個人繳費比例是2%），從2012年5月至2013年4月，小張個人已累計繳納了480元的醫保費，並已通過公司領取了社會保障卡。
參考資料：
因為小張平時很少看病，2013年5月1日，歷年個人賬戶資金已結余了1000元，醫保中心就把他個人繳納的480元錢從他的歷年賬戶資金中提取出來，結轉到了他的社保卡金融賬戶中，小張已在銀行辦理了社保卡金融賬戶激活手續。
2013年5月20日，他通過銀行提取了這480元錢，同時他的醫保歷年個人賬戶資金余額就變成了520元。