1、審計內容僅以查錯防弊為主，不評價項目績效
由於投資領域的市場運作、建設管理尚不規範，發現和揭露建設過程中的違紀違規問題仍然是投資審計的主要內容。審計人員審查重點在建設、設計、施工、采購等單位的財務收支、項目建設管理、資金管理、概算執行、工程造價等方面，至於投資是否合理，經濟效益、效益、環境效益如何，則壹般不予評價。
2、審計方式多是事後審計，缺少必要的事前預防和事中監控
建設項目具有周期長、投資額大、控制環節多等特點，建設過程中的決策、規劃、設計、采購、招標、施工、監理等任何壹個管理環節出現漏洞，都可能導致無法挽回的損失浪費。但是目前審計機關開展的投資審計多是還局限於工程竣工決算審計。
3、審計人才短缺、審計手段落後
投資審計涉及的審計事項復雜、專業性強，要求審計人員除具備財務知識外，還要具備工程、法律知識，但是現階段審計人員的專業多以財會為主；同時由於工程招投標、合同簽訂、施工等環節形成的業務數據采集、轉換難度大，對審計人員的運用計算機輔助審計的能力提出了更高的要求，因此大多沒有開展計算機輔助審計，審計手段落後。
4、審計風險難以得到有效控制
審計人員的風險意識不強，所采取的方法、程序不規範，自身專業知識、經驗能力不足必然帶來審計風險；有些投資項目復雜、內控制度不健全，工程管理不規範；而被審計單位如果不積極配合，提供的資料不真實或不完整，更容易使審計人員做出錯誤的判斷。
二、建設項目跟蹤審計中存在的問題
1、跟蹤審計相關的法律、法規不完善
作為壹種全新的審計監督模式，現階段缺乏關於全過程跟蹤審計的法律、法規和相關規範，審計依據不足，缺乏衡量標準，審計質量難以保證。特別是在壹些***性的問題上，實施標準不壹，彈性過大、沒有壹個統壹的做法。跟蹤審計的範圍、內容、程序、審計取證、審計報告等都缺乏具體的規範，導致跟蹤審計工作帶有很大的主觀性和隨意性，審計獨立性、權威性受到挑戰，審計部門有時處於被動的局面，不能確保審計質量，加大了審計風險。
2、審計任務繁重，專業人員奇缺。
審計機關多以財會、審計及財政專業方面的人才，大大缺乏懂工程設計、管理、施工、預算編制、計算機審計等方面的人才。壹方面，建設項目跟蹤審計涉及面廣，需要專業知識面寬；另壹方面，跟蹤審計工作時間長，工作量大，審計人員經常加班加點，個別項目的審計效率不高；導致壹些重點建設項目未能列入審計計劃，有的投資項目審計需要排隊等候，投資審計存在盲區，跟蹤審計無力開展。
3、單位認識偏差，審計環境欠佳。 跟蹤審計作為壹種新的審計方式，在基層審計機關仍處於探索階段，由於跟蹤審計涉及到設計、建設、施工、監理等部門，項目施工單位多，加之審計宣傳、措施不到位，有關部門對跟蹤審計的重要性認識不足，對跟蹤審計不理解、不信任、不配合，認為跟蹤審計就是跟蹤監視，跟蹤審計就是控制對施工單位的付款，因此，有關單位對需要跟蹤監督的關鍵環節有意逃避審計監督；加之跟蹤審計受法制環境、社會環境、工作環境的影響，給跟蹤審計工作增加了難度。
4、專業素質不高，審計風險加大。
跟蹤審計牽涉面廣，責任重，要求高，審計機關從事建設項目跟蹤審計人員大多非專業出身，綜合素質需進壹步提高，審計人員心有余而力不足，其專業技能難以適應跟蹤審計新的要求。與其他審計項目相比，審計風險明顯加大，主要來自跟蹤審計打交道的對象多為施工企業老板，而且為了追求利益最大化，往往采用偷工減料、高估冒算的非法手段謀取不正當利益，使審計人員在工作中遇到許多障礙和壓力。加之審計內部復核人員不懂工程技術審計，審計廉政建設及質量控制也存在相當大的風險。
5、審計經費不足，制約審計發展。
由於跟蹤審計時間長，需要聘用專業人員，投資審計在辦公經費，人員培訓，計算機審計硬件、軟件運用，現場跟蹤審計檢測的儀器和設備等方面需要投入很多財力。由於審計經費難以保障，審計取證手段落後，導致某些跟蹤審計無法開展，制約著審計事業的發展。
6、審計介入時間點模糊、深度難以把握 法律依據：《浙江省政府投資項目管理辦法》第十壹條 政府投資項目實行項目儲備制度。根據國民經濟和社會發展中長期規劃、區域規劃、專項規劃和發展建設規劃，由政府有關部門和項目業主開展政府投資項目前期工作，並經投資綜合管理部門組織咨詢論證後列入政府投資項目儲備庫。列入政府投資計劃的項目，應當從政府投資項目儲備庫中選取。