1.資金滯留和付款延遲。壹些主管部門為了自身利益，未能及時安排科研經費的撥付，將經費留在主管部門，影響了科研項目的正常運行。
2.挪用資金，挪作他用。科技主管部門掌握著大量的科研經費，履行著分配和安排科研經費的職責。但是，壹些主管科技的部門利用手中的權力，控制科研經費的分配，為自己謀利。這主要表現在兩個方面:壹是主管部門通過擠占科研經費來彌補自身行政經費的不足。比如，主管部門設立的項目中，與項目無關的相關會議費、差旅費要用行政經費支付；二是科技主管部門相關職能處室擠占基層科研單位項目經費，在科研單位項目經費中列支本應由科技主管部門承擔的差旅費和各種補貼。基層科研單位為了日後爭取項目資金，不得不違規收取與自己無關的費用。同時，在審計中還發現，壹些基層科研單位本身也存在擠占挪用的現象。
3.虛擬項目和轉移資金。壹些部門為了獲得科研經費用於日常開支，與基層科研機構勾結，科研單位申報項目獲得科研經費，再將科研經費從申報單位轉到這些部門。
4.未按合同約定使用資金。按照《科技項目計劃管理辦法》和《科技三項費用管理辦法》的有關規定，科研單位在申請科研經費時，必須與科技主管部門簽訂科技合同，實行合同化管理，專款專用。合同中明確規定了資金的使用範圍，但實際操作中，很多科研單位的資金使用往往超出合同規定的範圍。審計抽查中發現，部分基層單位將項目資金主要用於本單位人員經費支出，不符合項目合同規定的支出範圍。
5.這個計劃不符合規定。壹些主管部門在安排項目計劃時，沒有按照三項費用管理規定的要求安排非科研項目的經費，使項目計劃缺乏嚴肅性，科研預算失去真實性。