建築企業農民工工資保證金退還手續如下：
1、建築工程主體完工後，經審核確認建築施工企業無拖欠農民工工資的行為，退還建築施工企業60%的工資保證金;
2、建設工程全部完工後，經審核確認建築施工企業無拖欠農民工工資的行為，退還建築施工企業剩余40%的工資保證金;
3、建設單位在建設工程全部完工辦理決算後，經確認無拖欠行為，全部退還建設單位所繳納的工資保證金；
4、帶資料，書面申請法定代表人委托書(委托經辦人的)經辦人身份證原已交保證金的票據或存折竣工驗收報告原件及復印件工程決算單;
5、銀行電腦打印的往來賬目清單，自開工到竣工的往來賬目清單。
擴展資料：
“工資保證金”的作用
發生企業拖欠農民工工資問題，人力資源和社會保障行政部門將會責令企業限期支付，如企業逾期還未支付的，人力資源和社會保障行政部門將會同行業主管部門通知銀行按照保函約定的程序和範圍先行支付農民工工資。
本市施工企業註銷《企業法人營業執照》、《建築業企業資質證書》或撤銷許可類經營範圍，外地進京施工企業退出本市的，企業提出書面申請，經人力資源和社會保障行政部門、行業主管部門確認，符合以下情形的，可向企業退還保函：
（壹）自企業提出退還保函申請之日起前兩年內，在本市範圍內承接的工程項目未發生拖欠農民工工資，或者拖欠農民工工資問題已解決的。
（二）擬退出企業以法人單位的名義出具承諾書，承諾以下內容：
1.在本市範圍內沒有在施工程項目
2.自出具承諾書之日起前壹年內，在本市範圍內未承接新工程
3.自出具承諾書之日起，在本市範圍內已竣工的工程項目竣工備案時間已超過兩年
參考資料：