醫保局飛行檢查是指醫保基金監管的飛行檢查系統。醫療保險飛行檢查制度是指醫療保險行政部門在未事先告知的情況下，對醫療保險經辦機構、醫療招標采購機構、定點醫療機構、醫藥企業、醫療保險醫師(藥師)和參保人員使用醫療保險基金的情況進行現場監督檢查。
該制度具有以下特點:壹是合法、功能性，通常由上級醫療保險行政部門依據《社會保險法》、《行政強制法》、《國家醫療保障局職能配置、內設機構和人員編制規定》、《醫療保險基金監督飛行檢查規定(試行)》授權，未經監督檢查單位申請，主動實施；二是由醫保行政部門直接面對人、事、行為、場所直接、直接進行的。第三，是突發性。飛行檢查通常是秘密進行的，即醫保行政部門不事先告知被檢查對象。第四，它是強制性的。被檢查對象偽造、變造、轉移、隱匿、篡改、毀棄財務賬目、會計憑證、處方、病歷、治療檢查記錄、費用明細以及藥品、醫療器械出入庫記錄的，醫療保險行政部門有權采取強制措施。被檢查對象不配合、拒絕或者阻礙醫療保險行政部門實施檢查時，醫療保險行政部門可以實施強制檢查，被檢查對象將承擔相應的法律責任。第五，客觀性。醫保行政部門可邀請衛生、公安、藥監等部門聯合飛檢，以購買服務的方式組織有資質的社會第三方參與檢查。根據檢查工作的需要，可邀請新聞媒體參與監督。第六，是侵入性的。飛行檢查會給被檢查對象帶來不良後果，即設定被檢查對象接受現場檢查、留存資料和接受查詢的義務，在壹定期限內限制場所、人員和信息的相對權益，實施行政強制措施。