1.事業單位會計科目中有很多基金科目，如固定基金、公用基金、專用基金、周轉金等。，但企業會計制度沒有。
2.事業單位的會計分類不同於企業。事業單位支出分為業務支出、經營支出、對下屬單位的補助、上繳上級支出和其他支出；成本類別分為科研成本、技術成本、其他業務成本和生產經營成本；收入也是財政補助收入、上級補助收入、業務收入、經營收入、掛靠單位上繳收入和其他收入；企業統稱為主營業務收入和其他業務收入，成本總稱為主營業務成本和其他業務成本，還有制造成本和生產成本，沒有事業單位那麽復雜。
3.事業單位有些會計核算與企業不同，比如專項資金，收支都在這個項目下核算，項目完成後才能移交或結轉權益賬戶；企業完全是成本核算方式，收支兩條線明確。
4、事業單位和企業都是借貸記賬法，但記賬方法不同，有些項目需要同時記錄資金的增加，如固定資產購入分錄:
借:科研費用
貸款:銀行存款
同時，借:固定資產
貸款:固定基金
5、事業單位與企業會計思路的區別，如所有者權益，事業單位稱為凈資產，主要包括固定資產資金、流動資金、公用資金(普通資金和投資資金)、專用資金；企業權益包括實收資本、資本公積、盈余公積、未分配利潤等。
目前，我國事業單位仍執行《事業單位會計制度》(97版)，但許多事業單位，特別是經營性事業單位，既報企業會計報表，也報事業單位會計報表，逐漸符合市場經濟的需要。
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