雲岡石窟保護管理機構負責雲岡石窟及其附屬文物的安全保衛、修繕保養、科學研究、陳列展示、價值傳播、文化旅遊等日常工作。
市發展和改革、城鄉規劃、環境保護、財政、國土資源、煤炭、林業、水務、公安、工商、安監、住房和城鄉建設、旅遊等有關部門以及雲岡石窟所在地人民政府，應當按照各自職責做好雲岡石窟及其人文景觀、自然生態的保護和管理工作。第六條 鼓勵通過捐贈等方式設立雲岡石窟保護社會基金。鼓勵自然人、法人和其他社會組織以捐贈、資助，提供服務或者提出建議等方式參與雲岡石窟的保護。第二章 保護管理第七條 雲岡石窟保護管理機構應當根據《雲岡石窟保護總體規劃》制定年度保護計劃並組織實施，同時報省、市文物主管部門備案。第八條 雲岡石窟保護範圍為以雲岡石窟為中心，由內向外劃分為保護區、建設控制地帶和環境協調區。第九條 雲岡石窟保護區包括地上保護區和地下保護區；地上保護區分為重點保護區和壹般保護區。
地上保護區：東至雲岡石窟遺產監測中心東側，南至十裏河南岸堤壩，西至西灣（含魯班窯），北至雲岡變電站。其中，重點保護區為清代戲臺北緣現狀道路以北的全部石窟區域，重點保護區以外的區域為壹般保護區。
地下保護區：以雲岡石窟崖上明代城堡東北角為基點，向東壹千二百三十米，向南九百米，向西九百六十米，向北六百六十米，依此基線各向外取七十度塌陷角向下延伸三百米的範圍。第十條 雲岡石窟建設控制地帶：東至西梁中脊，南、西南至晉華宮礦鐵路，北至魯班窯石窟北側--雲岡變電站連線。第十壹條 雲岡石窟環境協調區：東至小站建成區西界，西至焦山石窟以西約壹點五公裏的十裏河支流，南、北以十裏河兩岸丘陵岡頂的第壹層山脊連線為界。第十二條 市人民政府應當在保護範圍內設置世界文化遺產、全國重點文物保護單位等保護標誌和保護範圍界碑。任何單位和個人不得擅自移動、拆除、損毀。第十三條 雲岡石窟環境協調區內，不得新建、改建、擴建有環境汙染的企業，不得建設光伏發電站、風力發電站等與雲岡石窟不相協調的建築物。
在雲岡石窟環境協調區砍伐林木，應當經林業主管部門批準後實施。第十四條 對在環境協調區內有礙歷史文化遺跡保護、利用的建築、墓地等，應當由有關主管部門實施拆遷、遷移。
環境協調區內現有的工業建築遺址、古民居等歷史遺存，未經當地政府審批同意，任何單位或者個人不得隨意拆除或者自行修建。第十五條 建設控制地帶內，除遵循本條例第十三條、第十四條的規定之外，還禁止下列活動：
（壹）建設工礦企業、擴張工礦用地和居民用地、新增居民區；
（二）開山、采石、開礦、開荒、修墳立碑等破壞景觀、植被和地形地貌的活動；
（三）修建儲存爆炸性、易燃性、放射性、毒害性、腐蝕性物品的設施；
（四）燃放煙花爆竹，焚燒稭稈、草木、垃圾；
（五）亂扔垃圾或者排放未經處理的工業廢水和生活汙水；
（六）放飛孔明燈或者無人飛機；
（七）其他可能影響雲岡石窟安全以及破壞人文景觀和自然生態的活動。第十六條 雲岡石窟保護區內，除遵循本條例第十三條、第十四條、第十五條的規定之外，還禁止下列活動：
（壹）翻拓雲岡石窟雕刻品；
（二）觸摸、刻劃、塗汙、攀爬文物及其保護設施；
（三）攜帶寵物進入景區；
（四）在景區內吸煙或者在非指定地點燃放佛香；
（五）損壞水電氣、通信和避雷、消防、安防等設施設備；
（六）在重點保護洞窟內采用閃光拍攝；
（七）其他損毀文物或者破壞景觀的活動。