自20世紀50年代以來,長江科學院先後為三峽工程、南水北調工程、長江堤防工程、長江幹支流河道整治等200多項大中型水利水電工程以及國家自然科學基金項目、水利基礎研究項目、相關行業研究項目和國際援助合作項目進行了大量卓有成效的科學試驗和研究,提供了7000多項科研成果。其中國家、省部級鑒定的重大科研成果近100項;獲國家、省、部級獎勵300多項;獲得30多項國家實用新型和發明專利。
長江科學院現有員工800多人,教授和高級技術職稱240多人,博士和碩士130多人。長江科學院研究生部有兩個碩士學位授予點。擁有4000多臺套先進的科研儀器設備。漢口、宜昌、重慶、丹江口都有科研基地。位於武漢經濟技術開發區的“長江防洪模型”,占地約600畝,是建國以來國家投資最大的水利科研項目。水利部長江科學院工程質量檢測中心承擔長江流域和西南江河的工程質量檢測。長江計量檢定中心開展科研、試驗測量、儀器設備的檢定和校準工作。2000年7月,長江科學院在全國水利科研機構中首次通過ISO-9001質量體系認證。擁有國家二級檔案館。《長江科學研究院學報》是面向國內外公開發行的國家級中文核心期刊。2003年,長江科學院榮獲全國五壹勞動獎。