應當劃轉水利建設基金的行政事業性收費和政府性基金包括：公路養路費、公路客貨運附加費、車輛通行費（限於收費還貸，下同）、公路運輸管理費、集貿市場管理費、個體工商戶管理費、征地管理費、城市市政公用設施配套費。
公路養路費及公路客貨運附加費按照每年定額2200萬元的標準劃轉，其余均按3%的比例劃轉。第六條 全民所有制單位、非本村集體單位和個人使用專業菜地、水澆地、水田、旱地進行非農建設的，每畝分別壹次性征收1000元－1200元、800元－1000元、500元－700元、300元－500元的水利建設基金；占用土地每畝壹次性征收200元水利建設基金。第七條 凡有銷售收入或者營業收入的企業事業單位及個體經營者，按銷售收入或者營業收入的0?8‰，銀行（含信用社）按利息收入的0?5‰，保險公司按保費收入的0?5‰，各類信托投資公司、財務公司等非銀行金融機構按業務收入的1‰征收水利建設基金。
各單位繳納的水利建設基金可計入成本。第八條 設區市、楊淩示範區（以下簡稱市）、縣級水利建設基金的來源：
（壹）國有土地出讓金的10%；
（二）有防洪任務的城鎮，從征收的城市維護建設稅中劃出15%納入水利建設基金，專項用於城市防洪工程建設；
（三）省級水利建設基金返還部分。第九條 下列項目免征水利建設基金：
（壹）經國務院、國務院財政部門和省人民政府批準減免的專項基金（資金）和收費；
（二）民政部門管理的社會福利事業、企業單位和殘聯管理的企事業單位的收入；
（三）農田灌溉水費收入；
（四）其他經省人民政府批準減免的項目。第十條 行政事業性收費及政府性基金應當繳納的水利建設基金由各級財政部門按規定比例進行劃轉。非農業建設征收（用）、占用耕地應當繳納的水利建設基金，由各級財政部門負責征收，其余由各級地方稅務部門負責征收。第十壹條 水利建設基金納入基金預算管理。各市、縣（僅限於省政府確定的有重點防洪任務的市縣）按規定從城市維護建設稅中劃轉的水利建設基金，年終決算時，由市、縣壹般預算轉入基金預算；各市、縣從國有土地出讓金中劃轉的水利建設基金作為市、縣本級的基金預算收入，入基金預算的840507科目。除此之外，各級征收機關征收和劃轉的其他水利建設基金壹律就地繳入當地國庫，為省級基金預算收入。其中從行政事業性收費及政府性基金中劃轉的水利建設基金入基金預算的840501科目；其他征收的水利建設基金入基金預算的840509科目。第十二條 各級財政、稅務部門征收水利建設基金，應當使用由省財政部門統壹印制的“水利建設基金專用票據”，實行稅費同征的地稅部門可以用稅務票據代替。各級財政部門劃轉水利建設基金由其向同級國庫（實行基金預算管理的）、或者向同級財政內部開具“水利建設基金劃轉通知單”，相關部門根據劃轉通知單的要求將資金劃入基金預算的840501科目。第十三條 水利建設基金應按時繳納，逾期不繳的除限期追繳外，從滯納之日起按日加收2‰的滯納金，並入水利建設基金。對拒不繳納的單位和個人，征收部門可持“專用扣繳通知書”通知當地銀行扣繳。第十四條 水利建設基金的繳納、報解和入庫由各級國庫或代理國庫辦理。各有關部門應當積極配合，***同做好征收管理工作，不得截留、挪用。第十五條 除市、縣按規定從國有土地出讓金和城市維護建設稅中劃轉的水利建設基金外，其余征收的水利建設基金采取先入省國庫後按比例返還的辦法實行省、市（縣）***享。年初，由省財政部門和省地稅部門聯合向省級及各市下達全年水利建設基金征收計劃；年末，由省財政部門按照各市全年實際入省國庫金額和相應的返還比例進行返還。其中返還西安市入庫額的70%；返還鹹陽市、寶雞市、渭南市、銅川市、楊淩示範區入庫額的30%；返還榆林市、延安市、漢中市、安康市、商洛市入庫額的50%。同時，為了實現獎罰分明，激勵先進，充分調動各市財政部門的征收積極性，保證水利建設基金穩定增長，對於超額完成年初征收計劃以及征收工作優秀的市由省財政部門給予適當獎勵。