根據上述職責，市住房和城鄉規劃建設局設16個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、財務、固定資產管理、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、安全、保密、新聞宣傳、信訪、督辦、建議提案、政務公開、機關作風建設、綜合治理等工作；指導和協調局系統電子政務、城市建設檔案工作。
（二）政策法規科。
組織起草有關地方性法規、規章草案和規範性文件；承擔有關行政處罰、行政復議和行政應訴工作；負責行政許可實施的監督和評估；負責法制宣傳教育工作；研究分析住房、城鄉規劃和建設的重大問題，組織擬訂相關政策。
（三）住房保障科。
貫徹落實國家、省、市關於推進城鎮住房制度改革的方針、政策和措施並組織實施；擬訂住房保障的規劃、政策法規並監督執行；負責組織保障性住房的建設；指導監督市屬公產房管理工作。
（四）住房發展與房地產市場監管科。
擬訂住房和房地產產業發展規劃和產業政策，並監督實施；負責房地產開發企業、物業服務企業、房地產評估機構的資質管理及相關從業人員執業資格的管理；負責核發《商品房預售許可證》和預售資金監管工作；指導監督全市物業管理工作。
（五）規劃編制管理科。
負責全市城市規劃設計的行業管理工作；負責城鄉規劃測繪管理工作；組織開展城市發展的戰略研究；組織編制全市總體規劃、城鄉近期建設規劃、分區規劃、控制性詳細規劃及重要地區修建性詳細規劃、專項規劃；承辦市政府委托的規劃編制審批工作；綜合平衡與城市規劃相關的專業規劃、專項規劃；參與編制區域規劃、江河流域規劃、海洋利用規劃、土地利用規劃、土地利用年度計劃和年度土地開發供應計劃（含農用地轉用計劃和土地儲備計劃）；承擔市城市規劃委員會辦公室的日常工作。
（六）建設用地規劃管理科。
負責全市大中型建設項目的規劃選址工作，負責管轄範圍內各類建設項目的規劃選址、定點及面積核定工作；核發《建設項目選址意見書》；負責建設用地規劃許可，提出規劃設計條件，核發《建設用地規劃許可證》和《臨時建設用地規劃許可證》；參與建設用地計劃和土地劃撥、出讓、轉讓方案的制定；參與大中型項目建設的可行性研究與論證；參與處理違法用地案件。
（七）建築工程規劃管理科。
負責審批修建性詳細規劃;負責建築工程、裝飾裝修工程等設計方案及初步設計的業務管理;負責建築工程規劃許可，負責大中型建築工程的初步設計審查，核發《建設工程規劃許可證》。
（八）環境藝術與城市設計管理科。
負責組織制定並實施全市城市設計指引;負責組織編制和審批城市設計方案、環境景觀規劃方案;負責組織編制並審批城市公***空間的規劃與設計方案;負責生態綠地、風景名勝區、城市公園、城市廣場、街頭綠地等各類綠地的規劃管理;負責城市雕塑、城市色彩、城市夜景、城市小品等各類環境藝術要素的規劃管理;負責歷史文化建築與街區保護規劃管理工作。
（九）交通與市政工程規劃管理科。
負責組織或參與編制交通、道路、軌道、給排水、電力電信、燃氣等綜合規劃及各層次市政專項規劃；協助管理各專業職能部門編制的各類基礎設施專項規劃；參與城市基礎設施建設項目的選址；提出市政規劃設計要點；負責城市基礎設施建設項目的方案審批和初步設計審查，核發《建設工程規劃許可證》和《臨時建設工程規劃許可證》。
（十）驗收備案管理科。
指導和管理建設項目的規劃驗線，負責建設工程竣工規劃驗收和竣工驗收備案管理工作。
（十壹）建築市場監管科。
擬訂勘察設計、建築業發展規劃、規章制度並監督執行；核發《建設工程施工許可證》，監督勘察設計企業、建築業企業、造價咨詢等單位資質標準的執行；負責從業人員的培訓、考核和發證管理工作；組織協調建築業企業參與對外工程承包、建築勞務合作；負責市場準入和清出工作；負責勘察設計、建築業、造價咨詢行業統計工作。
（十二）建設工程質量安全監管科。
擬訂建設工程質量安全管理發展規劃、規章制度並監督執行；負責建設工程質量、安全生產監督檢查工作；牽頭協調處理商品房屋工程質量投訴；負責建築新技術、新材料、新工藝的推廣應用和建築節能的監督管理工作；負責工程建設標準化管理工作；負責建設工程安全質量事故的調查與處理。
（十三）建設工程招標投標管理科。
貫徹執行國家、省、市有關建設工程招標投標管理的法律、法規及政策；負責對全市建設工程招標文件進行合法性審查及備案；指導監管全市建設工程招投標中介機構；承擔市建設工程招標投標管理辦公室的日常工作。
（十四）城市更新和村鎮規劃建設科。
負責編制城市更新改造（含市政工程項目）年度建設計劃；負責相關計劃實施的跟蹤管理；負責市政府交辦的建設工程的組織實施工作;擬訂村鎮規劃建設的方針、政策和規章制度；指導村鎮建設規劃編制和實施；指導農村住房建設、農村住房和危房改造；指導村鎮人居生態環境的改善工作。
（十五）行政審批服務科。
負責局駐行政服務中心窗口工作；受理登記建設項目申報事項，並進行程序性審查；負責建設項目申報材料分發送批工作；負責建設項目申報事項的跟蹤催辦工作；負責有關證照的發放登記。
（十六）人事監察科。
負責黨務、紀檢監察、廉政建設和精神文明建設工作；負責機構編制和人事管理工作；組織開展政治學習、思想教育、業務培訓；負責出國及赴港澳臺的審核和報批工作；負責計劃生育工作；負責或指導工、青、婦和離退休人員工作；承辦局黨組和局機關黨委的日常工作。