民航建設基金只能用於民航機場、航路建設和空中管制設施建設以及與上述建設有關的歸還貸款本息和財政部批準的其他支出。
其他支出是指報經國務院同意的主要用於解決民航科研、文教、衛生等非生產性建設支出，每年支出總額不超過年度收入總額的5％。第三條 民航建設基金的分類。
民航建設基金按使用途徑分為基本建設投資、技術改造投資、歸還貸款本息支出、周轉性借款和其他支出進行管理。第四條 民航建設基金的使用原則。
民航建設基金堅持先收後支、收支平衡、統籌規劃、專款專用的原則，年末結余可結轉下年使用。第五條 民航建設基金的預決算管理制度。
每年12月10日以前，民航總局負責編制下年度民航建設基金收支預算，壹式兩份報財政部審批。
基本建設項目和技術改造項目可先報總規模由財政部審批，待有關部門批準基本建設和技術改造計劃後，民航總局應將分項目預算報財政部審核。歸還貸款本息支出、周轉性借款和其他支出必須按項目編制詳細的預算，其中：歸還貸款本息支出項目應按規定範圍及合同嚴格把關；周轉性借款應嚴格用於與民航基礎設施建設有關的項目，按使用單位、借款用途、還款來源、周轉期限和金額提出年度預算報財政部核定；其他支出由民航財務部門根據需要，按具體項目編制支出預算報財政部審批後實施。具體編制辦法按財政部《關於印發民航基礎設施建設基金年度預算編制辦法(試行)的通知》(財工字[1997]84號)。
經財政部正式報復的年度預算，不得隨意進行調整。在執行過程中，確因特殊情況需要調整預算時，應及時報財政部審批。
每年 3月31日前，民航總局負責編制上年度民航建設基金收支決算，壹式兩份報財政部審批。第六條 民航建設基金周轉性借款管理的規定。
周轉性借款仍屬於政府性基金，納入中央財政預算管理。目前暫時采取由財政部委托民航總局設置專戶的形式管理，設置專戶以及受托金融機構由民航總局商財政部確定，民航總局具體辦理。民航總局要與受托金融機構簽訂委托合同，明確委托貸款內容。周轉性借款利息，由民航總局參照不高於同期同類銀行貸款利率確定。金融機構辦理貸款業務的手續費由借款單位負擔，年手續費率不超過千分之三。委托合同、貸款利率的確定由民航總局報財政部備案。
周轉性借款按財政部批準的預算從民航建設基金中提取，暫定為1998年至2000年每年4億元。周轉性借款本金在專戶中滾動使用，利息收入作為民航建設基金收入處理，上繳中央國庫並按規定的預算程序管理使用。
周轉性借款期限原則上控制在三年之內，情況特殊的不超過五年。
申請借款的單位必須以正式文件向民航總局財務司提出申請，內容包括：項目名稱、項目資金來源情況、資金缺口情況、申請借款金額、借款年限、還款資金來源和還款計劃等。民航總局根據財政部批復的年度預算委托金融機構辦理借款手續，具體借款手續由各借款單位與受托金融機構按國家有關規定直接辦理。
受托金融機構應認真履行委托合同和借款合同，辦理借款手續，並負責收回借款本息。第七條 民航各級財務部門必須參加民航建設基金項目的立項──可行性研究──初步設計──概算審批等前期工作。項目資金的配置由民航各級財務部門依據國家資本金制度和現有資金規模會同同級計劃、基建等部門確定。第八條 民航建設基金申請撥款的規定。
上繳中央國庫的民航建設基金由民航總局統壹向財政部請款，財政部根據資金入庫情況和年度預算向民航總局撥款。在年度預算已上報但未獲批準前，財政部可采取預撥的辦法。
項目單位財務部門依據財政部批準的年度預算向民航總局財務司請款，民航總局財務司根據上述批復和專戶資金情況辦理撥款手續。
項目單位財務部門根據項目進度需要向建設或使用單位下撥資金。第九條 民航建設基金資金管理規定。
民航總局財務司收到財政部下撥的民航建設基金後應存入支出專戶中，按照財政部批復的預算分項核算並管理。
項目單位財務部門收到民航總局下撥的民航建設基金後，都要根據有關批復、概算、合同，實行專款專用、專戶儲存、分項核算，建立健全內部管理制度。
對於民航建設基金項目，項目單位要嚴格按經濟合同，根據每期工程實際進度支付工程款，按照項目概算嚴格控制投資規模和投資標準。