(壹)全面貫徹黨和國家的教育方針，執行國家有關教育的法律、法規和規章，研究制定本市教育工作的地方性管理辦法並監督實施。
(二)研究全市教育發展的戰略思路，統籌規劃、協調和指導全市教育體制改革；研究制定全市教育發展規劃和年度計劃，並組織實施。
(三)綜合管理全市基礎教育(含學前教育)、高等教育、職業教育、成人教育和掃盲工作，負責全市普通高中、職業中學、初級中學和小學的設立和變更；負責職業中專新生入學和學籍管理，指導各類教育招生工作；負責教育的督導、評估和檢查。
(四)統籌管理本部門教育經費，提出市財政預算內教育經費預算方案建議，編制市教育經費預決算方案，統籌管理市政府下達的教育經費，歸口管理國內外對本市的教育援助和貸款；組織協調學校教育經費的審計和監督。
(五)綜合管理全市教育系統的勞動人事工作，配合市有關部門研究提出中小學機構設置和人員編制意見；組織和指導各級各類學校實施教師資格證書制度和教師資格認定工作；統籌規劃和指導學校教師和教育行政幹部隊伍建設；指導教育和人事制度改革；負責全市中小學教師專業技術職務的評審和推薦工作。
(六)歸口管理全市學歷教育、社會力量辦學，負責社會力量辦學的設立和變更。
(七)規劃和指導全市各級各類學校的教育教學工作，指導各級各類學校的德育、體育、藝術教育、勞動技術教育和國防教育。
(八)主管全市師範畢業生就業工作，負責起草職業中專、普通高中、職業高中和師範學校的招生計劃和招生工作；負責全市自學考試。
(九)指導校辦產業工作，協調和指導學校後勤改革和保障工作。
(十)負責中央直屬學校(單位)的黨建和思想政治工作，規劃和指導學校精神文明建設；指導組織教育學會、協會、基金會、研究會等。
(十壹)配合市委組織部做好市管學校(單位)幹部的考察和管理工作；負責對分管局機關幹部的檢查和管理。
(十二)在市紀委(監察局)的領導下，做好對學校和局機關直屬單位的紀律檢查和行政監察工作。
(十三)配合和指導中小學共青團、少先隊和統戰工作，做好知識分子工作。會同有關部門，做好老幹部教育系統、工會、紅十字會、計劃生育、綜合治理等工作。
(十四)統籌管理和指導全市語言文字工作；指導全市語言文字的規範化工作，監督檢查語言文字的應用；負責普通話推廣和普通話水平測試。
(十五)統籌規劃、協調和指導全市農村教育綜合改革。
(十六)歸口管理全市教育系統對外交流工作；負責本市學校聘用的外籍教師、中小學接受的外籍學生和港澳臺學生的資格初審。
(十七)承辦市政府交辦的其他工作。根據上述職責，市教育局設五個職能部門:
(1)辦公室
綜合協調局機關的重要政務和事務；負責起草學期和學年的工作計劃，起草總體文件、報告、總結等重要文件；負責教育局下發的文件和重要資料的質量控制；負責全市教育新聞宣傳和教育傳播工作；負責文件的操作和管理；負責局黨委、行政辦公會議的組織安排和會議議定事項的督辦；負責離退休幹部職工的管理和服務；負責全系統計劃生育和婦女工作；負責文秘(含公章)、信息、機要、文件檔案、編纂史誌、保密、關心下壹代、紅十字會、公務資產管理和行政事務；負責處理NPC代表和CPPCC委員的建議；受理教育行政投訴，承辦教育行政復議案件，協調與兄弟縣(市)的教育合作和對口支援。
㈡人事科
負責教職工黨建工作和思想政治工作；負責全系統人員調配、勞動工資、組織管理；按照管理權限負責幹部的考察和管理，詳細制定幹部調配計劃，辦理幹部任免手續；負責制定全市教師隊伍建設規劃、年度計劃，統籌管理教師資格和教師職務評審工作；負責師範畢業生分配計劃的制定和調度；協調和指導教師培訓和幹部培訓；負責老年員工的退休手續；指導學校內部管理體制的改革；管理教職工的人事檔案；配合學校工會的工作。
(3)財政(審計)處(市教育基金領導小組辦公室)
負責編制教育經費年度預算和決算，管理和使用預算內外的教育經費；協助有關部門做好教育費附加、地方教育附加和人民教育基金的征收管理工作；辦理本局各項財務收支；負責全市教育統計工作；會同有關部門，做好教育系統內部審計工作；編制基礎設施投資計劃；指導和協調學校布局調整規劃、校園建設規劃和教職工住房建設；指導和協調全市薄弱學校改造和中小學危房改造及相關工作；指導學校做好固定資產、財務、教育收費和後勤管理工作；做好學校衛生工作；協調、檢查教職工福利待遇的落實情況；協助相關部門為師生辦理各類保險；管理重癥住院學生醫療互助基金。
(4)基礎教育科
綜合管理全市普通中等教育、初等教育、學前教育、特殊教育和校外教育。負責制定全市中小學教育中長期發展規劃、改革規劃和年度計劃，指導初中、小學招生工作，負責高中招生工作；做好中小學學籍管理工作；指導中小學德育、教學、體育、美育、勞動教育和幼兒園(班)的日常管理工作；組織和指導普通高中招生考試、高級中等學校招生考試等工作；配合相關部門做好學校團隊工作。
(五)職業教育和社會教育處(市高教辦、市農村教育綜合改革辦公室、市社會力量辦學管理辦公室)
統籌規劃和協調全市成人教育。負責制定全市成人教育的中長期發展規劃和年度計劃；指導成人學校的教育教學工作；負責成人學校教育教學質量的評估和學籍管理；協調和指導掃除青壯年文盲工作；做好高初中畢業生“3+1”培訓、農民技術培訓、從業人員在職培訓和終身教育；組織成人中等專業教育的學業考試和招生；負責社會力量辦學的協調和管理；指導和協調全市農村教育綜合改革；參與管理南通廣播電視大學通州分校。組織教育系統計算機和外語應用能力的培訓和考試。協調全市職業教育工作，組織指導職業中學文化考試、技術等級評定等工作。
此外，根據有關規定，設立紀委(監察室)，負責局機關及其下屬單位的紀檢監察工作。
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