市財政部門依法對自然科學基金的預算、財務進行管理和監督。審計機關依法對自然科學基金的使用與管理進行審計監督。第四條 市人民政府設立北京市自然科學基金委員會（以下簡稱“基金委”），負責編制自然科學基金發展規劃和項目指南，審定自然科學基金資助項目，審議自然科學基金管理的重大事項等工作。
基金委由市人民政府相關部門主管科技工作的負責人和相關研究領域的科學家、工程技術專家、管理專家組成。基金委組成人選由市科學技術行政部門提名，並報市人民政府批準。基金委委員實行任期制，每屆任期五年，連續任期壹般不超過兩屆。
市自然科學基金委員會辦公室（以下簡稱“基金辦”）承擔基金委的日常工作，負責自然科學基金資助工作的具體實施和管理。第五條 基金辦應當聘請相關學科領域具有較高學術水平、良好職業道德的專家作為評審專家，建立基金資助項目評審專家庫。
評審專家對項目進行評審，應當從項目的科學價值、創新性，研究方案的可行性，申請人的研究能力，項目研究應用前景等方面進行獨立判斷和評價。第六條 自然科學基金主要來源於市財政撥款。
市財政部門應當將自然科學基金的經費列入預算。
鼓勵自然人、法人或者其他組織通過與自然科學基金聯合資助、向自然科學基金捐資等方式資助基礎研究與應用基礎研究。向自然科學基金捐資的，按照國家和本市規定享受優惠政策。第七條 自然科學基金工作遵循公開、公平、公正的原則，堅持尊重科學、發揚民主、激勵創新、促進合作、凝聚資源、服務首都的方針。第八條 確定自然科學基金資助項目，應當充分發揮評審專家的作用，采取宏觀引導、自主申請、平等競爭、同行評審、擇優支持的機制。第二章 規劃與組織第九條 基金委應當根據本市國民經濟與社會發展規劃、科學技術發展規劃，圍繞本市經濟社會發展的戰略需求，結合國內外科學技術發展狀況，編制自然科學基金發展規劃，建立基金資助體系，明確發展戰略目標、研究領域和研究方向；並根據自然科學基金發展規劃編制項目指南，明確自然科學基金資助的項目範圍。
自然科學基金優先資助與本市經濟社會發展緊密相關的戰略性、前瞻性應用基礎研究，為促進本市戰略性新興產業培育、高技術產業發展，新興學科與優勢學科建設提供知識、技術和人才儲備。第十條 基金委在編制自然科學基金發展規劃和項目指南時，應當聽取高等院校、科學研究機構、企業、行政部門以及其他組織等方面的意見，組織有關專家進行科學論證。
自然科學基金發展規劃和項目指南應當向社會公開。第十壹條 自然科學基金資助工作應當通過依托單位實施。依托單位在基金資助管理工作中履行下列職責：
（壹）組織申請人申請自然科學基金資助；
（二）審核申請人、項目負責人所提交材料的真實性；
（三）提供基金資助項目實施的條件，保障項目負責人和參與人實施基金資助項目的時間；
（四）配合基金辦對基金資助項目的實施和基金資助經費的使用進行監督、檢查。
基金辦應當對依托單位的基金資助管理工作進行指導、監督。第十二條 本市行政區域內的高等院校、科學研究機構、企業以及從事科學研究的其他組織具備下列條件的，可以向基金辦申請註冊為依托單位：
（壹）在本市行政區域內依法成立，具有法人資格，並具備完善的財務和資產管理制度；
（二）有專門的科研管理機構和科研管理制度；
（三）在相關研究領域具有壹定的研究基礎，具有完成項目所需的團隊和基礎條件。
基金辦應當自收到註冊申請之日起15日內作出審查決定，並告知申請單位。不予註冊的，應當說明理由。
基金辦應當將依托單位名單向社會公布。