基本建設基金的使用，必須符合國家制定的產業政策、投資政策、生產力布局和中長期計劃的要求，必須堅持量人為出的原則基本建設基金的使用分為經營性和非經營性兩種。
1.經營性基金經營性基金主要用於中央舉辦的關系到國民經濟全局的重大能源、交通、原材料工業基地，跨地區的、面向全國的交通運輸工程、郵電通訊骨幹設施，關鍵的機械、電子、輕紡工業項目，重大農業基地和重點防護林工程，關鍵的新興產業項目的建設，以及對經濟不發達地區建設的扶持等等。經營性基本建設基金又分為硬貸款和軟貸款兩種：硬貸款主要用於還款能力較好的建設項目;軟貸款主要用於國家政策性投資的建設項目。
2.非經營性基金非經營性基金主要用於中央各部門直接舉辦的無經濟收入的文化、教育、衛生、科研等項目的建設和大江、大河的治理工程等。
國家基本建設基金制建立之初，基本建設基金由財政部按期撥給建設銀行，由其負責管理。同時，組建了能源、交通、原材料、機電輕紡、農業、林業六個國家專業投資公司。國家專業投資公司運用建設銀行提供的基本建設基金貸款，可以通過參股、控股等形式直接向建設單位投資，從而形成“項目資本”;國家專業投資公司也可以委托建設銀行以貸款形式向建設單位投資，從而形成“國家專業投資公司委托借款”。各主管部門負責管理的經營性基金，由建設銀行按照各主管部門的安排發放貸款，從而形成“部門基建基金借款”。1994年國家開發銀行組建後，部分經營性基本建設基金由財政部劃撥給國家開發銀行，由其向建設單位發放貸款，從而形成“‘國家開發銀行投資借款”。原六個國家專業投資公司並人國家開發銀行，同時新組建了國家開發投資公司;負責壹部分經營性基本建設基金的經營。非經營性基本建設基金由中央各主管部門負責管理，由建設銀行按照國家計劃和主管部門的安排實行撥款，從而形成“基本建設基金撥款”。