1964之後，新幹線的規劃、設計、融資、建設和管理由中國中鐵和日本鐵建公司共同承擔。日本鐵建公司修建新幹線所需的資金壹部分來自財務省資金利用部的低息貸款，大部分通過發行鐵路債券籌集。1987之前修建的新幹線的管理基本上是由中鐵和鐵建公司管理，類似於中國的鐵路工程建設指揮部，導致鐵建公司缺乏成本約束，只重視施工，不考慮成本，從而使得中鐵和日鐵建設公司的負債和盈利狀況不斷惡化。
1970年5月，日本政府頒布了《全國新幹線鐵路維修法》(以下簡稱《維修法》)，以促進高速鐵路網的形成和發展。隨著日本高速鐵路骨幹網的基本形成，其他新幹線更加公益性，日本鐵路建設法人需要的資金量越來越大。中鐵壹方面要和鐵路建設公司共同籌集建設資金，另壹方面要經營公益性虧損線路。到1987私有化改革時，日本國有鐵路的長期負債為2270億美元，其中新幹線負債360億美元；日本鐵路建設公司(JRCPC)負債41億美元，其中新幹線負債1.6億美元。
1987中國鐵路私有化後，日本新幹線建設的管理體制發生了深刻的變化，表現在三個方面。壹是對中國鐵路進行了利益明確的主體劃分，新成立了鐵路客運股份公司、新幹線控股機構、鐵路貨運股份公司、鐵路通信股份公司、鐵路信息系統股份公司、鐵路綜合技術研究院等6家。此時，日本鐵建公司與各鐵路客運公司之間存在明確的市場交易關系。二是日本鐵建公司真正實現了對新幹線建設、所有權和委托運營的完全控制，重組後的客運公司不再對新幹線建設承擔任何融資責任或管理責任。第三，明確了政府在新幹線建設管理體系中的地位和作用。日本政府通過新幹線控股機構(後來逐漸演變為鐵路維修基金和交通設施維修企業集團)從鐵路建設公司籌集部分建設資金，日本鐵路建設公司將完成的鐵路租賃轉讓給其他新幹線運營商。到目前為止，日本鐵路建設公司僅擁有尚月(大宮-新潟)新幹線，並采用委托租賃運營模式。
事實上，日本高鐵建成後，其他新幹線基本都是公益性很強的小型高速鐵路，政府的責任也相應加強。日本政府(包括中央政府和地方政府)提高了政府對新幹線建設費用的出資比例。同時，新幹線建設主體逐漸轉變為鐵路法人壹體化，其建設體制采用“雙重委托模式”，即政府通過交通設施維護法人(由原來的新幹線維護機構和鐵路維護基金發展而來)向鐵路法人轉移或融通資金，委托日本鐵路建設法人進行新幹線建設；鐵建公司擁有新幹線的所有權，但在性質上，日本鐵建公司是第三種鐵路企業，即它為其他鐵路企業建設新幹線，不直接運營新幹線，而是采取委托租賃運營的模式，當然也可以轉讓。