根據企業和項目的不同特點，創新基金分別以貸款貼息、無償資助、資本金（股本金）投入等不同方式支持科技型中小企業的技術創新活動。
1．貸款貼息
①主要用於支持產品具有較高技術水平，需要中試或擴大規模，形成批量生產及產業化，銀行已經有貸款意向的項目。
②項目總投資在3000萬元以下，資金來源基本確定，投資結構合理。
③貸款貼息壹般按申請項目貸款額年利息的50%至100%給予補貼，貼息總額壹般不超過100萬元，重大項目不超過200萬元。
2．無償資助
①主要用於科研人員攜帶科技成果創辦企業的啟動資金，技術創新產品的研究、開發及中試階段的必要補助。
②項目總投資壹般在1000萬元以下，資金來源基本確定，投資結構合理，企業有與申請創新基金數等額以上的自有資金匹配，項目實施周期壹般不超過兩年。對於地方政府財政給予匹配資助的項目，同等條件下予以優先支持。
③創新基金資助數額壹般不超過100萬元，個別重大項目不超過200萬元。
3．資本金（股本金）投入
①資本金投入主要用於支持技術起點高、具有較廣創新內涵、較高創新水平並有後續創新潛力，預計投產後具有較大市場需求、有望形成新興產業的項目。
②資本金投入的目的是引導其它資本的投入。創新基金資本金投入壹般要求至少有壹家以上投資合作夥伴壹起投資。創新基金投入數額壹般不超過企業註冊資本的20%。
③企業資金來源應基本確定，投資結構合理。
④創新基金資本金投入的資金，原則上要求在壹定期限內依法收回.