壹是定位不同，前者的主要目的是積極吸引外資和國外的先進技術，提升我國的工業化水平和經濟實力，出口創匯，同時宣傳我國的對外開放政策；後者主要目標是發展高科技，實現產業化，主要途徑是利用我國內部的智力資源，同時借鑒國外的先進發展經驗，推進高新技術產業發展，從而帶動經濟結構調整。
二是區位依托不同。經濟技術開發區的區位選擇側重於交通狀況、產業基礎和市場空間等地理資源優勢；高新技術產業開發區的區位選擇側重於智力密集、信息資源、產業基礎和創業氛圍等智力資源優勢。前者優先選擇沿海港口城市和內陸交通樞紐城市，後者優先選擇高等院校、科研機構集聚和科研實力雄厚的地方。
三是主體結構不同。企業構成方面，經濟技術開發區多為三資企業經營的生產性和出口加工型企業，高新技術產業開發區多為高新技術企業和民營科技企業。
四是主管部門不同。國家高新區、國家經濟技術開發區的審批權限均在國務院，具體的主管部門則不同。從宏觀管理層次來看，經濟技術開發區的管理部門在國家商務部，高新技術產業開發區的管理部門在國家科技部。
此外，國務院還批準了壹批出口加工區，出口加工區大部分在國家級經濟技術開發區裏面，少部分在國家級高新區裏面。
至於具體到壹個城市的園區，是叫工業園、產業園還是高新區，則要根據當地的實際情況。有些高新區也叫工業園區、科技工業園區，有些經開區也掛高新區的牌子。不能只看名稱，要看其功能定位。當然，在不同的發展階段，功能定位是不同的，現在的國家經開區，也要往高新技術產業、自主創新的方向進行轉型，否則就沒有出路。
在海外，沒有機構、部門對三者進行嚴格的區別，比如說，臺灣的新竹科技工業園區，名稱是工業園區；在大陸看來，就是標準的科技園區。