1、參保對象不同：農村合作醫療保險的參保對象是農村戶口居民，社保參保對象為在職職工或城鎮居民；
2、保障期限不同：農村合作醫療保險是交壹年保壹年，社保中的醫療險是要求持續繳納最少15年才可以享受終身醫保待遇；
3、報銷比例不同：農村合作醫療保險報銷比例較低，而社保中的醫療保險報銷比例較高；
4、有無個人醫保賬戶：農村合作醫療保險是沒有個人醫保賬戶的，社保中的醫療保險有個人醫保賬戶。
農村醫療保險，是我國社會保障的壹部分，我國農業人口占全國總人口的百分之63．91，農村醫療保險，可以使廣大農民享受到農村醫療保險的實惠，同時也是社會保障的壹項重要內容，更是我國經濟建設的重要環節之壹。社會保險是指壹種為喪失勞動能力、暫時失去勞動崗位或因健康原因造成損失的人口提供收入或補償的壹種社會和經濟制度。社會保險的主要項目包括養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險。農村醫保繳納的費用壹年幾百元，而社保繳納費用壹年幾千甚至上萬，相比之下農村醫保的費用低很多；而且，農村醫保是由參保人負擔全部費用，而社保是由職工和公司壹起承擔費用的。包含項目不同：農村醫保只包含了醫保，但是社保除了包含醫保還包括養老、失業、工傷和生育保險。
總的來說，農村合作醫療簡稱新農合屬於三種國家和地方政府托盤的社會保障醫療之壹，其他兩種分別是職工五險壹金裏的醫療險，和城鎮居民醫療保險。
法律依據
《中華人民***和國社會保險法》第二條 國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。第二十壹條 新型農村社會養老保險待遇由基礎養老金和個人賬戶養老金組成。參加新型農村社會養老保險的農村居民，符合國家規定條件的，按月領取新型農村社會養老保險待遇。