（1）募捐對象不同：
公募基金會：可以直接面向公眾募捐；
公募基金會
非公募基金會：不直接面向公眾募捐。
（2）募捐活動的地域範圍：
公募基金會：分為全國性公募基金會和地方性公募基金會。全國性公募基金會的公開募捐活動可以在全國範圍內開展，地方性公募基金會的公開募捐活動只能在登記註冊地行政區域內開展。
非公募基金會：因不面向公眾募捐，所以無地域限制。
（3）登記註冊的原始基金（單位：人民幣）：
公募基金會：全國性的不低於800萬元，地方性的不低於400萬元；
非公募基金會：不低於200萬元。
（4）登記管理機關：
公募基金會：全國性公募基金會由民政部民間組織管理局負責登記；地方性公募基金會由省、自治區、直轄市人民政府民政部門登記。
非公募基金會：省、自治區、直轄市及以上的人民政府民政部門都可以登記。（但是原始資金超過2000萬，且發起人向民政部民間組織管理局提出申請設立的，可以去民政部民間組織管理局登記）[2]
（5）名稱：
①基金會名稱應當反映公益活動的業務範圍。
基金會的名稱應當依次包括字號、公益活動的業務範圍，並以“基金會”字樣結束。
公募基金會的名稱可以不使用字號。
②全國性公募基金會應當在名稱中使用“中國”、“中華”、“全國”、“國家”等字樣。非公募基金會不得使用上述字樣。
地方性公募基金會和省、自治區、直轄市人民政府民政部門登記的非公募基金會應當冠以所在地的縣級或縣級以上行政區劃名稱。冠以省級以下行政區劃名稱的，可以同時冠以所在省、自治區、直轄市的名稱。冠以市轄區名稱的，應當同時冠以市的名稱。
③公募基金會的字號不得使用自然人姓名、法人或者其他組織的名稱或者字號。
非公募基金會的字號可以使用自然人姓名、法人或者其他組織的名稱或者字號，但應當符合以下規定：
(壹)使用自然人姓名、法人或者其他組織的名稱或者字號，需經該自然人、法人或其他組織同意；
(二)不得使用曾因犯罪被判處剝奪政治權利的自然人的姓名；
(三)壹般不使用黨和國家領導人、老壹輩革命家的姓名。[3]
（6）關於近親屬關系人員在理事會任職的問題：
用私人財產設立的非公募基金會，相互間有近親屬關系的基金會理事，總數不得超過理事總人數的1/3；其他基金會，具有近親屬關系的不得同時在理事會任職。
（7）法定代表人問題：
公募基金會和原始基金來自中國內地的非公募基金會的法定代表人，應當由內地居民擔任。
（8）每年用於章程規定的公益事業支出：
公募基金會：不得低於上壹年總收入的70%；
非公募基金會：不得低於上壹年基金余額的8%。
（9）接受社會監督：
在信息披露方面，公募基金會負有更重的義務。公募基金會組織募捐活動，應當公布募得資金後擬開展的公益活動和資金的詳細使用計劃。在募捐活動持續期間內，應當及時公布募捐活動所取得的收入和用於開展公益活動的成本支出情況。募捐活動結束後，應當公布募捐活動取得的總收入及其使用情況。非公募基金會由於不存在公開募捐活動，因此信息披露要求相對較低。