終於有空整理之前的東西。
說繪圖方法之前先要了解，轉錄組的PCA圖的意義是什麽？
為了檢測樣本之間的離散程度，也就是重復之間差的大不大。
1、繪圖之前先解答樣本重復的問題。
轉錄組測序壹般情況下需要是三個重復。但是對於完全沒有接觸過測序的人來講，就很疑惑：轉錄組測序為啥壹定要生物學重復呢？我不要行不行？為啥大部分要3個重復？4個、5個、666個重復行不行呢？怎麽樣算重復？3只老鼠各測壹次算3個重復，還是1只老鼠測三次算3個重復？壹堆問題就很糾結，著實讓人頭大呀~~~
第壹個問題：壹定要生物學重復嗎？
回答：最好要。
那什麽情況下可以沒有生物學重復呢？
1）科研經費太少，沒錢測序。（這種情況就幹脆不要測了，測1個就很雞肋。）
2）實驗證據絕對充分，然後想裝點壹下門面，看起來花哨壹些。（那實驗都做那麽好了，那就多測幾個嘛~要不就幹脆不要測了。要不然本來能發nature，結果妳“貂尾續狗”只能發個plosone，就很沒必要。）
第二個問題：壹定要3個重復嗎？那我測2個或者4個行不行？
回答：重復的數量壹定要≥3。
1）先回答設置重復的目的是什麽？是為了：消除組內誤差；增強結果的可靠性；檢測離群樣本。
1.1） 假如妳給小鼠餵了壹種藥，不同小鼠對藥的反應肯定不同，那麽多個樣本就可以消除小鼠之間本身的差異。
1.2）再假如，妳給3只小鼠餵了藥，但是其中壹只就是天生免疫力極強，藥物對它的影響極小。另外兩只就比較相似，那後面分析的時候妳就要把免疫力極強的那壹只刪掉，因為它的數據會對分析結果造成極大的偏差。
1.3）但是，如果妳只有2只老鼠，其中壹只天生免疫力極強，藥物對它的影響極小。拿到測序數據壹分析發現兩只差別很大，那妳選哪壹只呢？有人說，那我肯定選免疫力正常的那壹只呀。 哎呀 這個問題，真的是。。。只有測序了之後妳才能知道免疫力到底強不強，妳給老鼠餵藥之前妳是不知道人家身體到底好不好的。這就是為啥不要選2個的原因。
2）理論上來說重復越多越好，但是考慮實際情況，設置3個重復還是比較普適的方法。
具體原因參見以下文獻：RNA-seq differential expression studies: more sequence or more replication?
3）動物或者植物之間樣本的差異還是比較大的，所以可以多測壹點，例如可以做5-10個重復之類的。土豪的話妳可以測任何妳覺得吉利的數字，譬如66、88、996甚至2333等等。（玩笑話哈 ）
第三個問題：3只老鼠分別測序算重復，還是1只老鼠測3次算重復？
回答：3只老鼠各測壹次。
搞清楚生物學重復和技術重復。（自行百度）
2，繪制PCA圖
載入繪圖的包
設置運行路徑並且導入妳之前已經計算完的FPKM數據。
計算每個PCA的各項指數。
利用ggscatter對PC進行繪圖
或者可以試試3D繪制散點圖
3D繪圖的不好的地方就是，scatterplot3d裏面沒有參數讓妳展示每個點的名字，就很郁悶。
如果想實現就試試下面的方法，我也是google出來的。