同濟大學的前身是1907年德國醫生埃裏希·寶隆在上海創辦的德文醫學堂；翌年改名同濟德文醫學堂；1912年與創辦不久的同濟德文工學堂合並，更名為同濟德文醫工學堂；1923年正式定名為大學；1927年成為國立同濟大學，是中國最早的七所國立大學之壹。
截至2018年6月，同濟大學設有38個學院和二級辦學機構，7家附屬醫院，6所附屬中小學。有四平路、嘉定、滬西和滬北等4個校區，占地面積2.56平方公裏，校舍總建築面積175余萬平方米，圖書館總藏書量407萬余冊。
1893年德國醫生埃裏希·寶隆（Dr. Erics Paulum）來到上海，在德國總 領事館附近開壹診所。後來，他與在上海的幾名德國醫生成立了“德醫公會”。八國聯軍侵華時，德國運來大批醫療設備，聘請當時在上海負有盛名的寶隆醫師，協助在滬成立了傷兵醫院。德軍歸國時，為感謝寶隆，將傷兵醫院的醫療設備悉數贈送給寶隆。
1900年，寶隆在德國駐滬總領事克納佩（Wilhelm Knappe）的支持下，在張家浜新馬路旁開辦了有20張床位的醫院。由中德雙方出資，取名“同濟醫院”，寶隆任院長。1904年初，克納佩在柏林與德國外交部、普魯士文化部的代表以及柏林大學東方語言部主任進行了會談。在談到在中國推行德國教育政策時，克納佩提出了在上海開辦德國醫科學校的計劃。
1905年，德國外交部、普魯士文化部就在上海開辦德國醫科學校壹事達成***識。普魯士文化部教育司司長阿爾特霍夫（Althoff）建立了“促進德國與外國精神文化關系科佩爾（Koppel）基金會”。該基金會直接受文化部監督，它的董事會主席是商務顧問科佩爾。科佩爾基金會不僅負責籌集錢款，而且對外以學校創辦者的面目出現。
1907年3月，科佩爾基金會、促進在華德國文化工作委員會、上海德醫公會和同濟醫院4方，在柏林簽署了由普魯士文化部起草的關於在上海建立德國醫科學校的協定；1907年6月3日，“德文醫學堂”董事會正式成立，董事會由18人組成。
1907年10月1日，醫學堂舉行了開學典禮，取名為“德文醫學堂”。
1908年，“德文醫學堂”改名為“同濟德文醫學堂”。“同濟”當時寓意德國人與中國人同舟***濟，“同濟”二字從德語“Deutsch（德意誌）”在上海話的諧音而來，意蘊合作***濟。
1909年，寶隆博士因病於3月5日在上海逝世。上海德醫公會元老福沙伯博士接任同濟德文醫學堂總監督兼總理。校董們為學校取名“同濟”，意蘊和衷***濟，希望用現代醫學造福人類。
1912年，同濟德文醫學堂增設工科，更名為“同濟醫工學堂”，設醫、工和德文三科。由校董事會籌措辦學經費，由福沙伯全面領導學堂。當年，醫正科三級學生張近樞、何理中、江逢治3人，按照德國大學醫科考試規則參加學堂的第壹次畢業考試，均順利通過，如期畢業。他們是同濟歷史上的第壹屆畢業生。
1917年第壹次世界大戰進入尾聲，1917年2月美國宣布與德國斷交 ，不久對德宣戰。上海法租界以同濟醫工學堂是德國的產業，為防止德國人利用該校機械制造武器為由，當眾宣布解散學校，並限令師生當日離校。為此，社會各界聯名致電教育部，請設法對同濟學生作善後安排。教育部馬上派人商議，把學校遷到吳淞鎮，繼續開學上課。1917年4月23日，教育部下令學堂改屬華人私立學校，由華人董事會辦學，直屬教育部領導。同年12月，更名為私立同濟醫工專門學校。
1922年學校正式遷往吳淞鎮。根據《寶山縣誌》記載：1917年同濟德文醫學堂由華董接管，遷入吳淞中國公學。1918年，在教育部次長袁希濤主持下，由教育部撥款，在吳淞購地150畝籌建校舍。1921年竣工後陸續遷入新校舍。
1924年05月20日，教育部批準同濟醫科為大學。因此，每年的5月20日定為校慶日。