1，醫療範圍不同
參加少兒醫保的孩子需要綁定壹家醫療機構，但如果住院，可以在市內任何壹家醫療機構就醫；
少兒統籌醫療保險由市、區分別建立，就醫的醫院僅限於市、區指定的幾家醫療機構。
2.不同待遇
少兒醫保是有起付線的。以北京為例，門診就醫起付線為100元，住院就醫起付線為150元。兒童整體醫療保險沒有免賠額。
統籌基金主要用於參保人員住院、非定點醫院急診搶救、異地轉診(轉院)、異地安置、特殊疾病門診等醫療費用。
3.不同的管理單位
少兒醫保由社保局管理，少兒統籌醫保不由社保局管理。由機關事業單位自籌資金、自定政策管理，屬於單位給職工的壹種福利。
少兒統籌醫療是機關事業單位子女的統籌醫療保險。這種保險是指正式在地方機關事業單位工作的職工子女，可以和父母的醫療保險壹起，由父母所在單位支付的壹種醫療保險形式。
少兒醫療保險也叫少兒醫療保險。少兒醫療保險可以防範孩子成長過程中因疾病產生的醫療費用帶來的風險，防止孩子因為經濟原因得不到優質快捷的醫療服務。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第二十三條職工應當參加職工基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。
第二十四條國家建立和完善新型農村合作醫療制度。新型農村合作醫療管理辦法由國務院制定。