首先，銀行資本充足率的監管底線可能被擊穿。根據《商業銀行資本管理辦法》，商業銀行被動持有的工商企業股權投資在法定處罰期內的風險權重為400%，兩年後上升至1.250%，而正常貸款的風險權重僅為1.000%。這將大大增加對銀行的資本要求，需要大量補充資本或減少股息。如果監管部門為債轉股的資金占用打開“天窗”，將違反巴塞爾協議III，擾亂國際金融秩序。
其次，混業經營的風險。雖然債轉股可能使金融機構成為問題企業的重要股東，但金融機構本身並不是“產業運營專家”，其作為股東積極努力的效果未必顯著。以下問題很難回答:銀行和企業的報表如何合並，銀行是否有足夠的管理能力，銀企之間如何設置風險隔離機制。
所以，債轉股似乎不應該成為重構強制裁決機制的前奏。另外，銀行持有企業控股權後，銀行的考核指標是沿用以前的資本充足率、撥備覆蓋率等指標，還是考核鋼鐵、煤炭等企業的經營、發展、用工等，可能是壹個牽壹發而動全身的問題。
再次，銀行同時持有股權和債權，容易帶來嚴重的關聯交易。企業債權轉股權後，債權收益和股權損益會出現蹺蹺板效應，銀行不良貸款問題會被掩蓋，特別是銀企董事會和管理團隊發生變化後，銀企內部經營責任和外部股權管理的利益糾紛更加難以梳理。
最後，銀行持有債權時，利息收入是壹定的，但轉化為股權後，股權退出時，銀行的收益就變成了股息或投資收益。但是，如果企業沒有利潤，就不會有分紅。在目前的經濟形勢下，很多企業無法維持正常經營，幾乎沒有分紅，更談不上股權價值的提升。
而且債權還可以用房產、土地抵押，或者由第三方擔保。但轉為股權後，這些保障措施不復存在，債權的償還順序先於股權，所以銀行債轉股後的回收不確定性更大。而且未上市股份退出難度更大，流動性更差，銀行壓力會加大。所以，除非有優惠政策或者強制指令，否則銀行很難有合理的商業動機去做債轉股。