平準基金組織體系由三大部分組成：由證監會財政部和中國人民銀行任命的專員，上交所或深交所委派的專家，以及特聘的資深經濟學家和證券業協會代表組成委員會，負責入市的時機、交易的規模、基金發展戰略等重大事項的決策；由具備豐富證券交易經驗的優秀專業人員組成基金管理公司，遵照決策委員會的指令，制定實施計劃，從事具體的股票買賣操作；基金的運作過程總體上統壹受證監會監控，這樣就形成決策、操作、監控既相互分立又相互牽制的科學運行系統。
基金管理公司平時的工作以籌集和管理資金為主，當股市運行平穩或波動幅度不大時，不采取任何幹預行動。只有股市指數出現年30%以上、6個月20%以上的波動時，平準基金才入市用逆向操作的方法平抑波動性。
平準基金買賣的股票以上交所和深交所影響力比較大的成分股和國家重點扶持行業的領頭股為主要目標，這樣做壹是為了盡快地穩定股市指數，二是有利於體現國家宏觀發展戰略，引導市場的資金走向。這裏還有壹個現實的問題，即平準基金的交易客體究竟選擇流通股還是國有股？股權分置是中國股市的特色，盡管在特定的環境中也曾發揮過特殊的過渡作用，但現在普遍被認為是引致中國股市壹系列矛盾和缺陷的根本癥結所在，長期以來壹直為人所詬病。股權分置是囿於雙軌經濟條件下的權宜之計，雖然解決起來有相當大的難度，但無論是政府還是市場都決心已定，同股不同權、不同利的扭曲現象終將得以修正。中國股市指數的制定目前仍以流通股的價格變動為基準，並未考慮非流通股的因素，因此，理所當然地股市平準基金的交易對象也應當是流通股，這樣的局面將壹直持續到股權分置問題徹底得以解決，也就是股票實現全流通的時刻為止。