預算編制審計的目的是促進預算編制的合法性、合理性、真實性和準確性。因此，預算編制審計的重點內容應包括以下五個方面:
1.預算編制是否合法、詳細。主要審核預算編制是否符合預算法等法律法規和國家有關政策。是否堅持量入為出、收支平衡的原則，預算編制是否細化到明細科目和具體部門。
2.預算編制的依據和標準是否充分合理。主要審計人員經費標準是否準確，公用經費定額是否合理。專項資金的政策依據是否充分，重大項目支出是否經過科學論證，是否有可行性預測。
3.預算收入是否真實可靠。主要審計收入是否包括所有納入預算管理的壹般預算收入和基金預算收入。是否在科學預測國民經濟和社會發展的基礎上，科學預測預算收入的增長。是否將上年的非正常收入和本年減少的收入納入預算收入範圍。
4.預算支出是否合法合理。主要審核支出結構是否優化合理，教育、科技、農業、衛生、環保等重點支出是否在保證工資、運行、穩定的基礎上，按照輕重緩急合理安排。財政供給範圍是否規範，財政資金是否退出競爭性和經營性領域，運營機構、公司或行業協會等單位和部門是否逐步推向市場，與財政供給脫鉤。預備費的設置是否符合預算法的規定，按照本級預算支出的1%至3%安排。上級專項資金的安排和使用是否符合規定，對下級的財政返還和轉移支付是否按照預算管理制度辦理。
5.部門預算是否真實準確。因為部門預算構成政府預算，所以預算編制的審核不僅要審核財政部門編制的預算草案，還要檢查部分政府部門編制的部門預算。部門預算編制審計的重點是:壹是部門預算編制是否經過了“兩上兩下”的程序。二是審查部門預算是否按照零基預算方法編制，徹底改變“基數加增長”的做法。三是審查部門預算編制內容是否完整、真實。收入是否全部納入預算，行政事業性收費和預算外收入是否指定具體單位和項目，支出是否真實，項目支出是否多報或虛報。