第壹條：為加快水利建設，提高防洪減災和水資源配置能力，緩解水資源供需矛盾，促進經濟社會可持續發展，根據國務院關於充實完善水利建設基金的要求，制定本辦法。
第二條：水利建設基金是用於水利建設的專項資金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。中央水利建設基金主要用於關系經濟社會發展全局的重點水利工程建設。地方水利建設基金主要用於地方水利工程建設。跨流域、跨省（自治區、直轄市）的重大水利建設工程和跨國河流、國界河流我方重點防護工程的治理投資由中央和地方***同負擔。
第三條：中央水利建設基金的來源：
（壹）從車輛購置稅收入中定額提取。
（二）從鐵路建設基金、港口建設費收入中提取3%。
（三）經國務院批準的其他可用於水利建設基金的資金。
第四條：地方水利建設基金的來源：
(壹)從地方收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應提取水利建設基金的地方政府性基金(收費、附加)項目包括：養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓費、地方分成的電力建設基金、市場管理費、個體工商業管理費、征地管理費、市政設施配套費。
(二)有重點防洪任務的城市要從征收的城市維護建設稅中劃出不少於15%的資金，用於城市防洪建設。具體比例由省、自治區、直轄市人民政府確定。
有重點防洪任務的城市包括：北京、天津、沈陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、嶽陽、成都、廣州、南寧、梧州、柳州市，以及省、自治區、直轄市人民政府確定的有重點防洪任務的城市。
(三)經省、自治區、直轄市人民政府批準征收的用於水利工程和防洪設施建設的各項基金(資金、附加、收費)，統壹納入地方水利建設基金。
第五條 中央水利建設基金的劃轉辦法由財政部會同國家計委、水利部另行制定。地方水利建設基金的劃轉辦法，由省、自治區、直轄市人民政府參照中央水利建設基金劃轉辦法，根據各地實際情況制定。