磷塊巖的形成是多因素的，以微生物礦化為主。藻類(疊層石等藻類磷塊巖)和軟體動物常形成壹定規模的磷塊巖，屬於生物成礦的範疇。
自假說誕生以來，許多學者從不同角度論證過，但時至今日都遭到了否定。磷礦石晶體膠結物中的磷灰石晶體是生物酶參與成巖作用的產物。
至於交代，應該說交代是存在的。如在震旦系-寒武系磷塊巖中偶見磷酸鹽等碳酸鹽巖的交代作用，但都是局部的，不能構成大規模的工業礦床。現代海洋也存在磷酸鹽置換現象。比如從美國西海岸打撈出壹塊磷化木，海水中的部分被磷酸鹽置換成磷化木，而埋藏在沈積物中的部分沒有被磷置換。這種局部現象不可能是磷塊巖成因理論。
關於物理作用，從20世紀50年代初薩爾文和魏澤對北非晚白堊世至始新世的研究到現在的物理富集礦石，普遍認為磷塊巖中存在壹個“生成帶”和壹個“聚集帶”。在陡山沱組和梅樹村組這兩個含磷巖系地層中，特別是在白雲質磷塊巖層中，經常見到波浪和水流作用下的原生沈積構造。磷塊巖產生於淺海環境，不可避免地打上了水動力學的烙印。基於內部碎屑結構成分物理作用的觀點無疑是正確的。然而，這種物理作用實際上是原生磷塊巖的改造和再沈積過程。對於這種外來磷塊巖，尤其是高品位礦石是否是物理富集的結果，筆者還是有所保留的，主要基於以下事實:
1)原生(原位)磷塊巖，特別是顆粒(顆粒、集合體、殼粒等。)不是內部碎屑，而是生物作用的原生顆粒成分。
2)中國的磷礦資源只有不到5%能被工業直接利用(P2O5 > 28%)，大部分是需要選礦的中低品位礦石，這也是世界磷礦的相同特點。根據選礦的難易程度，磷礦可分為易選(主要是巖漿磷灰石礦)、易選(主要是變質結晶磷灰巖礦)和難選(主要是沈積碳酸鹽磷礦)三種類型。我國磷礦資源的80%是難選磷礦，這類礦石的礦物成分主要是碳酸鹽礦物(白雲石和方解石)和磷酸鹽礦物(碳氟磷灰石或膠磷礦)。這兩種礦物的密度和顆粒表面性質相似，這可能是兩種礦物緊密伴生形成混合巖石(白雲石和含磷白雲石)的原因之壹。選礦的主要問題是研究表明，使用常規捕收劑浮選時，它們的可浮性相似，很難分離。經過幾十年的實驗研究和工業生產實踐，磷礦可以通過以下三種選礦方法與脈石礦物(白雲石和方解石)分離(胡躍華等，2006): ①用矽酸鈉和澱粉抑制碳酸鹽等脈石礦物，用脂肪酸作捕收劑浮選磷礦；②加入六偏磷酸鈉抑制磷礦，用脂肪酸反浮選碳酸鹽脈石礦物；(3)用選擇性烷基硫酸鹽作捕收劑，碳酸鹽礦物先浮出來，再用油酸浮磷礦。無論采用哪種方法，經過正、反浮選和幾次粗選精選，磷精礦品位可達30%以上，回收率可達90%。也就是說，經過人工化學品(浮選劑、抑制劑、調節劑等)的反復實驗。)，磷只能相對富集，即使精礦品位達到30%，回收率低，產率低，尾礦品位高。例如，目前在國內實驗室和生產中，對於原礦品位為P2 O5≈20%的礦石，當精礦品位達到30%時，尾礦品位為3% ~ 6%。原礦品位較低(P2O5 10% ~ 18%)的礦石，精礦品位較難達到30%，尾礦品位較高。那麽僅通過水動力條件將兩種組分分離並將磷富集到P2O5 > 30%的富礦是不可想象的。含磷巖系地層中常見的P2O5 > 30%、厚度從幾厘米到幾米甚至十幾米的富礦層，水平層理發育，是弱動力或相對靜止水沈積的標誌，不太可能是物理富集的產物，而是未被改造的原生富礦。含磷巖系地層剖面中最常見的水動力作用強烈的標誌主要是由兩種內部碎屑顆粒組成的混合巖石，即含磷白雲巖(磷內部碎屑< 50%)和白雲質磷塊巖(磷內部碎屑> 50%)。它們的成分成熟度很低，不富含礦石，這叫物理作用，不是物理富集。磷礦石礦床不會遠離原地，也很少被清理。與其他砂礦不同，它們在結構和成分上高度成熟，形成了物理上富集的富礦。
誠然，條帶狀白雲質磷塊巖按規模在主要磷聚集區的大多數礦床中占主導地位，礦層中也確實有強烈水動力作用的跡象，但都是中低品位礦，只能說是物理作用的跡象，而不是“物理富集”的產物。即使是原地富礦，在破碎、搬運和再沈積的過程中，也必然會因白雲石顆粒或非磷成分的引入(即摻合)而貧化。在川中-滇東大陸邊緣北部的滎經-漢源磷聚集區，磷聚集區靠近康滇古陸(島)，礦層中含有相當數量的陸源碎屑物質，稱為“含鉀磷塊巖”，幾乎都是中低品位礦。礦石主要含有磷顆粒、白雲石顆粒、陸源碎屑顆粒和泥質。根據物理富集的觀點，磷和白雲石。
上述碳酸鹽磷塊巖屬於“難選”礦石，而矽酸鹽磷塊巖，如華北地臺南部早寒武世辛集期砂質磷塊巖、含磷砂巖，主要由長英質和磷組成，兩種成分性質差異較大，在選礦時容易分離，故稱為易選磷塊巖。該類礦石為低品位礦，原礦品位壹般在10%左右。這種原礦品位約為10%的礦層主要由碎屑巖和磷酸鹽的混合巖石組成，還常見有較強水動力標誌的原生沈積構造。水和波浪並沒有通過揚場和淘洗來富集磷。
筆者提出這個問題，是希望沈積學專家、磷礦專家、選礦專家能有令人信服的實驗研究數據來支持。
此外，在隨後的章節中，提出了壹些新概念和新觀點，如“大陸脊”的概念、大陸脊巖系、大陸脊控礦理論、粒狀磷塊巖-殼狀磷塊巖的成因機制和磷塊巖的層序模式等。有些與傳統的理論和觀點大相徑庭，甚至相左。作者沒有冒昧。科學發展的道路是不平坦的。新的學術觀點或新事物不可能是完美的，但往往是不全面的。在其誕生之初，往往是褒貶不壹，有的認可甚至高度贊揚，有的不認可，或否定或批評。若幹年後重新認識，補充，發展，當然也有完全否定的。這個不斷肯定和否定的過程，就是創新理論和學說產生的過程，也是科學不斷發展的過程。