1988,孫昌普晉升講師。
1989被學校推薦去南開大學讀博士。
1990晉升副教授。
1992作為教授和葛教授共同培養的研究生,在南開數學學院獲得博士學位。
1992年底,孫昌普晉升為教授——那時候,他剛剛30歲。
1992 10年6月,在CEEC基金的資助下,孫昌普博士來到美國紐約州立大學石溪分校,來找楊振寧教授進行研究。
1995成為吉林大學博士生導師。
65438-0996,中國科學院理論物理研究所研究員。
1997國家傑出青年基金資助。
2003年9月起兼任南開大學特聘教授。歷任中國物理學會理事,北京大學出版社出版的《量子光學、現代物理系列與理論物理通訊》雜誌編委,英國物理學雜誌A:理論&成員;數學編輯委員會,美國數學物理進展編輯委員會,中國科學編輯委員會和多個國家和部委重點實驗室學術委員會成員。作為項目負責人,先後承擔了中科院“國家知識創新工程”、“973國家重點基礎研究發展計劃”、國家自然科學基金理論物理重大前沿和交叉領域等重要項目。多次應邀講學,擔任國際會議組委會和國際顧問,做會議報告和邀請報告。