妙湛法師壹貫重視修持，嚴持毗尼。他出家前曾駐錫揚州高旻寺，跟隨來果禪師參禪數年，領悟到心地法門的重要性。當他於1957年來南普陀寺時，每天還堅持參禪打坐。當時南普陀寺沒有禪堂，他發願將來興建壹座禪堂供養大眾師父用功。由於時節因緣的關系，沒有如願以償。閩院復辦後，他常對學僧說：“出家人光學教理是不夠的，必須到禪堂用功，把所學的東西進行消化，才能受用，否則只是畫餅充饑。”所以興建禪堂又成了妙老的壹大心願。時至1990年秋天，南懷瑾先生香港的學生李素美和其女兒郭姮妟來南普陀寺拜訪妙老，在談話中問及寺院需要做什麽功德。妙老語重心長地回答：“還需要建壹座禪堂！”當時，李素美母女倆就立即答應下來，並打電話報告南先生。南先生說：“好啊！法師要建禪堂，我們壹定要發心。”因此，南普陀寺禪堂從1991年春天開始動工奠基，經過三年的建造，於1993年春落成，並聘請南先生舉行為期7天的禪學講座，參加禪修的有來自加拿大、美國、菲律賓、臺灣、香港等海內外的佛教四眾弟子***壹千多人。同時，妙老規定閩院學僧要走學修壹體化的道路，每天晚上最少要坐壹支香。他在禪堂開示中強調：“禪堂是寺院裏最重要的壹個修行地方，佛學院的學僧應白天學教，晚上坐禪，如此才可以使戒定慧並進。單單學壹點文字般若是不夠的，壹定要坐禪。要想成佛作祖，必須住禪堂！古人住禪堂以開悟為期，不悟不出禪堂。當打生死七時，寧死在禪堂，不願死在外寮。禪宗壹法是不立文字、教外別傳、直指人心、見性成佛，所以禪堂又叫選佛場。”妙老繼承了高旻寺來果禪師的宗風，勉勵後學多住禪堂，學修並進。他自己每天早晨三點鐘就起來打坐或讀誦《金剛經》、《普門品》、《普賢菩薩行願品》等，然後等到壹開靜，就親自喊學僧起來上早殿，經常拿著手杖察看學僧寮房。如有不聽話，隨時用“棒喝”來教育。法師的嚴格管教，令學僧肅然起敬。
創辦慈善機構
行願無盡，為善最樂。妙老經常告訴大家：“現在世界上還有許多吃不飽、穿不暖的窮苦人，我們佛教徒應多做壹些社會慈善福利事業。”他老人家多年的願望終於在佛菩薩慈光加佑下實現，1994年11月14日，大陸第壹所佛教慈善機構——南普陀寺慈善事業基金會成立了。
基金會在妙老的領導下，本著愛國愛教、慈悲濟世的宗旨，廣集大眾的力量和善心，以出世的無私精神，做入世的利生事業，在賑災救災、扶危濟困、救死扶傷、助
學助教、放生護生、印經結緣等方面做了大量的工作，受到社會各界的好評。他經常親自慰問廈門社會福利院、孤兒院、養老院、聾啞學校，甚至冒著大雨送款到市民政局捐獻給災區人民。
法師壹生省吃省用、惜福修福，對生活從不計較。他到83歲高齡的時候，外出遠門也不帶侍者，把節省的路費都用來做慈善事業。
基金會的慈善工作立足於本省，面向全國。最初從“六個壹百”開始做起，逐步發展到賑災建校等大型的慈善活動。如1995年，為福建三明洪澇災區捐賑災款6.5萬元，為江西贛州水災捐款6.5萬元及衣物6千多件。同年，為重慶佛教希望工程捐款16萬元等等。總之，妙老創辦的慈善基金會，把救援之手伸向那些遭受地震、洪澇災害，失去家園、失去親人的災民；他們中有求知若渴，因家庭貧困而失學的學生；有打工在外，陷入困境的民工；有身患絕癥無力治療的病人，乃至經不住社會和生活壓力而想自殺的年輕人等。總之，妙老的悲願，不知利益了多少的苦難人。他常常說：只要大家獻上壹份愛心，這個世界就會變成更加美好的家園。他雖80多歲的高齡，還念念不忘他人的痛苦，在臨終之際留下“勿忘世上苦人多”的遺訓。