1999年公司以500萬元人民幣的註冊資本在廈門成立2003年11月Gemship集裝箱班輪航運信息系統在中海歐洲控股有限公司實施（包括德國、英國、法國、荷蘭、比利時、西班牙、意大利、匈牙利八個國家）2003年12月第壹款Freight(Net)綜合物流管理平臺在全球實施2003年12月Gemship集裝箱班輪航運信息系統獲得計算機軟件著作權登記證書2004年3月獲得廈門市火炬高新區留學人員企業資助資金10萬元2004年4月獲得廈門軟件企業認定2004年5月GEM電子艙單系統項目國家科技部科技型中小企業技術創新基金20萬元資金2004年6月Gemship集裝箱班輪航運信息系統獲得科技成果鑒定證書；2004年7月Freight(Net)版權登記獲得計算機軟件著作權登記證書；2004年12月獲得廈門高新技術企業認定2004年12月被評為中國軟件歐美出口工程第二批試點企業2005年5月榮獲CFIA中國貨運業大獎“最佳物流軟件提供商金獎”2005年6月“GemShip集裝箱班輪航運信息系統”被列為2005年度國家科技興貿行動計劃軟件出口示範項目2005年10月榮獲中國航海科技獎2005年11月公司總部及營銷中心遷至上海，以廈門為研發基地2005年12月獲得供應鏈管理年度大獎2005年12月獲得第二屆中國技術市場協會金橋獎先進集體獎2006年6月通過CMMI3評估（CMMI-SW 成熟度3級）2006年9月被評為廈門市航海學會理事成員2006年11月Freight .Net獲得廈門科技進步三等獎2006年12月成為IBM公司高級合作成員2006年度榮獲廈門市政府頒發的百家成長型中小企業稱號2007年1月被中國國際物流口岸年會評為2006年度中國最佳物流軟件公司2007年2月被廈門市政府評為2007年度成長型企業”2007年5月被《物流時代報》評為“中國物流最受歡迎的信息技術產品提供商”2007年10月Freight .Net綜合物流管理平臺軟件V6.2獲得計算機軟件著作權登記證書2007年11月”GEMONE”、“MYSHIPPING”、“GEMSHIP”分別獲得國家商標認證2008年上半年引入張江漢世紀創投基金的數千萬人民幣的投資，計劃未來兩年內在國內中小板上市2008年11月獲得CFIA（China Freight Industry Awards）“最佳物流軟件提供商綜合服務金獎”2008年12月獲得AMT集團旗下暢想網評選的“2008年度物流業管理軟件TOP10”，“2008年度中國管理軟件商TOP 100”兩個獎項2008年12月經過上海市科學技術委員會審核，吉聯入選上海市2008年第壹批高新技術企業名單2009年，吉聯榮獲廈門火炬高新區優秀軟件企業稱號，總裁潘文藝榮獲廈門火炬高新區優秀軟件企業家稱號。2009年2月，吉聯獲得商務部服務外包業務發展資金資助2009年5月，吉聯榮獲暢享網“中國物流業管理軟件十強軟件商”稱號2009年6月，吉聯榮獲《電腦商報》2008年度交通物流行業優秀方案商獎2009年11月，吉聯順利通過CMMI4預評估2009年12月，股份公司創立大會召開，吉聯總部更名為上海吉聯新軟件股份有限公司。2010年6月，吉聯榮獲《電腦商報》2009年度交通物流行業優秀方案商獎2010年7月，吉聯順利通過CMMI4評估，成為中國第壹家通過CMMI4認證的物流軟件企業。2010年10月，吉聯榮獲世博會“現代運輸與物流主題周參與功勛企業”殊榮 2015年10月，以吉聯新軟名字在新三板掛牌，股票代碼為833683。