基金管理人內部控制機制的四個層次不包括股東的檢查、監督、控制和指導
基金管理人內部控制機制壹般包括四個層次：
壹是員工自律，?員工可能做不到自律，所以應該從嚴管理,而且員工自律，不僅僅是加強企業監督就可以達到的，更應該做的就是將這個信念深入到每壹位員工心中，正是這種內在的力量才更加可靠，更加持久。
二是各部門主管(包括監察稽核)的檢查監督，部門主管應積極履行檢察職責，否則會造成公司很大的利益損失。
三是公司管理層對人員和業務的監督控制，倘若監督控制不嚴，必定造成員工懈怠。
四是董事會或者其領導下的專門委員會的檢查、監督、控制和指導，這也是整個內部控制的關鍵所在。
基金管理人內部控制基本要素：
基金管理人內部控制的基本要素包括控制環境、風險評估、控制活動、信息溝通和內部監控五個方面。
（壹）控制環境。
控制環境構成公司內部控制的基礎，包括經營理念和內控文化、公司治理結構、組織結構、員工道德素質等內容。
基金管理人應當牢固樹立內控優先和風險管理理念，培養全體員工的風險防範意識，營造壹個濃厚的內控文化氛圍，保證全體員工及時了解國家法律法規和公司規章制度，使風險意識貫穿到公司各個部門、各個崗位和各個環節。
基金管理人應當依據自身經營特點設立順序遞進、權責統壹、嚴密有效的內控防線：
1、各崗位職責明確，有詳細的崗位說明書和業務流程，上崗前均應知悉並以書面方式承諾遵守，在授權範圍內承擔責任。
2、建立重要業務處理憑據傳遞和信息溝通制度，相關部門和崗位之間相互監督制衡。
3、公司督察長和內部監察稽核部門獨立於其他部門，對內部控制制度的執行情況實行嚴格檢查和反饋。
（二）風險評估。
基金管理人應當建立科學嚴密的風險評估體系，對公司內外部風險進行識別、評估和分析，及時防範和化解風險。
基金管理人風險評估系統可以對基金運作情況發出預警和報警訊號；獨立的風險業績評估小組對基金管理中的風險指標提供每日、每周及月度評估報告，作為決策參考依據。基金管理人應大力運用現代信息科技，促進風險管理的數量化和自動化。
（三）控制活動
基金管理人可以通過授權控制來控制業務活動的運作。授權控制的主要內容包括：
1、股東會、董事會、監事會和管理層應當了解和履行各自的職權，建立健全公司授權標準和程序，確保授權制度的貫徹執行。
2、公司各業務部門、分支機構和公司員工應當在規定授權範圍內行使相應的職責。
3、公司重大業務的授權應當采取書面形式，授權書應當明確授權內容和時效。
4、公司授權要適當，對已獲授權的部門和人員應建立有效的評價和反饋機制，對已不適用的授權應及時修改或取消授權。
（四）信息溝通
基金管理人應當維護信息溝通渠道的暢通，建立清晰的報告系統。公司應定期與員工溝通，以保證他們及時知悉公司的戰略方向、經營方針、近期和長期目標等。在公司管理和基金運作中各部門應保持各自獨立向管理層的報告渠道。
（五）內部監控
基金管理人應當建立有效的內部監控制度，設置督察長和獨立的監察稽核部門，對公司內部控制制度的執行情況進行持續的監督，保證內部控制制度的落實。