隨著社會主義新農村建設的全面開展，國家財政支農資金逐年增加，國債和預算內資金用於農村建設的比重也在增加。因為農業資金面廣，資金來源多，資金鏈長；涉農單位很多，不僅涉及各個行業和領域。涉及部門多，千家萬戶，情況復雜。如何保證各類政府專項資金落到實處、發揮效益，讓農民真正得到實惠、放心，必須加大對農業專項資金和農村集體經濟收入的審計監督，加強對農業資金的審計。
2.審計績效理論可以用來深入分析涉農資金，加強對農村管理部門的審計。
對涉農資金進行審計，可以深入分析涉農資金的管理和使用情況，檢查其效率水平，評估和分析影響整體效率的因素，尋找提高其效率的途徑，促進有關部門的正確決策和科學管理，提高涉農資金的管理水平和使用效率，維護資產安全，以最小的投入獲得最佳的效果。同時，涉農資金審計可以加強對農村經營管理部門的審計監督，促進農村經營管理部門黨政領導幹部增強新農村建設的責任感和使命感，確保財政支農資金真正落到實處並發揮作用。
三是涉農政策執行情況的審計和調查。
涉農資金審計是圍繞農村社會養老保險、被征地農民補償、社會救助、新型農村合作醫療等壹系列關系農村改革發展穩定的重點和熱點問題開展審計和審計調查。在壹定程度上促進了農村社會養老保險基金的管理，清償了被征地農民的補償費，促進了農村衛生政策的落實和完善，提高了農民合作醫療保障水平，為有效維護農民利益發揮了壹定的重要作用。
四是需要加強對涉農專項資金的審計。
通過對農業資金的審計和審計調查，分析、反映和揭示了不同地區存在的困難和問題，對政府有關部門建立健全項目決策制度，加強資金管理，按時保質完成項目建設，加快農業產業化進程和提高農業科技含量，保證資金使用效益起到了壹定的促進作用。同時，為加強涉農專項資金的實時監控，壹些地區還利用計算機聯網對科技興農資金的管理和使用情況進行了跟蹤和遠程審計，為進壹步實時監控科技興農資金創造了壹定條件。
5.加強農業基礎設施建設項目審計。
為推進新農村基礎設施建設，壹些審計機關重點審計項目預決算，探索建設項目跟蹤審計，降低項目投資，節約建設資金，確保涉農基礎設施建設順利進行。比如，重視農村水利灌溉、農村道路、小流域治理等基礎設施建設，查處變更挪用項目資金、虛報冒領、損失浪費、工程質量差等問題；並針對審計發現的問題，向有關部門提出相關改進建議，確保相關惠農惠民措施落到實處。