市人力資源和社會保障局設13個內設機構：
（壹）辦公室（信息化科）
綜合協調局內政務、事務。負責機關文電、會務、宣傳、機要、信訪、安全保密、行政管理、後勤服務等工作；負責本局重點工作、行政重要事項和領導批辦事項的協調、督辦和督查工作；負責本系統檔案管理；承擔本系統機構編制、人事管理和幹部教育培訓工作；負責機關並指導直屬單位黨群工作、離退休人員的服務工作；綜合協調全市人力資源和社會保障信息化建設工作，牽頭組織本系統局域網、局電子政務應用系統及安全保障系統的開發、建設、維護和管理；牽頭辦理市人大代表建議和市政協委員提案；承擔部門政務公開、新聞發布工作；牽頭組織人力資源和社會保障工作目標管理和重點工作目標考核。
（二）政策法規科（監察室）
負責本部門及本系統法制建設與依法行政工作規劃、年度計劃，並牽頭組織實施；負責人力資源和社會保障相關政策動態的收集和綜合研究工作；承擔人力資源和社會保障綜合性規範文件起草工作；負責局行政許可審批服務事項；牽頭辦理行政復議、行政應訴等相關法律事務工作；承擔局規範性文件的合法性審核工作；擬訂人力資源和社會保障行政執法監督工作規則；承擔人力資源和社會保障法制宣傳和執法監督檢查工作；負責人力資源和社會保障行政執法人員培訓考核以及相關管理工作；研究制訂本系統預防和治理腐敗的措施，加強黨風廉政責任制、行風和軟環境建設，糾正部門不正之風；會同有關部門對黨員、幹部進行黨紀政紀教育及違紀案件查處；負責本系統行政監察工作。
（三）計劃財務科（社會保險基金監督科）
參與編制全市人力資源和社會保障事業發展規劃和編制年度計劃；組織編制全市社會保險基金預決算草案；參與擬訂全市社會保障資金（基金）財務管理制度；牽頭承擔人力資源和社會保障信息和統計綜合管理工作;擬訂全市社會保險及其補充保險基金監督政策措施；依法監督全市社會保險及其補充保險基金征繳、支付、管理，並組織查處重大案件;承擔市社會保險監督委員會的具體工作；負責本局財務管理、國有資產管理和內部審計工作。
（四）就業促進科（人力資源市場科、職業能力建設科、失業保險科）
擬訂全市就業和人力資源市場發展規劃；擬訂全市勞動者平等就業、促進就業、鼓勵創業政策，完善公***就業服務體系；指導和規範全市公***就業服務信息管理；牽頭擬訂高校畢業生就業政策，指導全市大中專畢業生就業培訓工作；參與擬訂就業專項資金使用管理辦法；擬訂全市就業援助和特殊群體就業政策；綜合管理國（境）外人員（不含專家）來本市就業工作;負責辦理企業政策性安置人員安排和職工跨地區流動事項；擬訂全市城鄉勞動者職業培訓政策、規劃；擬訂全市職業培訓機構發展規劃和管理措施；負責對全市職業培訓機構與職業中介機構的管理;擬訂全市高技能人才和農村實用人才培養和激勵政策；完善全市職業技能資格制度；貫徹實施國家職業分類、職業技能標準和行業標準的政策；指導全市職業技能競賽工作;貫徹實施全市失業保險政策、規劃和標準；擬訂全市失業保險基金管理辦法並組織實施；建立全市失業預警制度。
（五）勞動監察科（勞動關系科、市農民工工作領導組辦公室）
擬訂全市勞動監察工作制度；組織實施勞動監察，依法查處和督辦全市重大案件；協調處理全市勞動者維權工作，組織處理有關突發事件；負責全市勞動保障誠信體系和有重大影響的勞動保障違法案件的社會公布工作；承擔其他人力資源和社會保障監督檢查工作;擬訂全市勞動關系政策和勞動合同、集體合同制度實施規範以及集體協商規則並組織實施；擬訂勞動用工備案制度和特殊工時制以及企業經濟性裁員管理、勞務派遣管理、企業職工檔案管理規則，指導企業規範勞動用工管理；負責全市勞動標準工作和不定時工作制、綜合計算工時管理工作，指導和監督企業工資總額管理和工資收入分配；組織實施全市消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊勞動保護政策；承擔市農民工工作領導小組辦公室的具體工作。
（六）軍官轉業安置科（市軍隊轉業幹部安置工作小組辦公室）
貫徹執行上級下達的安置計劃並組織實施，承擔在如部、省屬單位軍隊轉業幹部安置工作；承擔中央、省和南通市關於部分企業軍隊轉業幹部解困和穩定方針政策的宣傳、解釋工作；承擔全市自主擇業軍隊轉業幹部管理服務工作；承擔市軍隊轉業幹部安置工作小組的具體工作。
（七）公務員管理科（市考核委員會辦公室）
組織實施國家公務員法及其配套法規，負責全市行政機關公務員和政府系統參照公務員法管理單位工作人員綜合管理工作。承擔公務員和參照管理人員行為規範、職業道德、能力建設工作;承擔公務員和參照管理人員錄用、考核、職務任免、職務升降、獎勵、懲戒、培訓、交流、辭職、辭退、申訴控告、職位聘任、登記管理工作;承擔對公務員法規和相關管理制度貫徹執行的監督檢查指導工作;依法對公務員實施監督;會同組織部門擬訂公務員和參照管理人員競爭上崗和定期交流輪崗方案、培訓規劃和計劃、非領導職務設置辦法，並組織實施;承辦市政府提請人大任免幹部的議案和市政府任免人員的任免手續;承擔市考核委員會辦公室的具體工作。
（八）事業單位人事管理科
組織實施事業單位人事制度改革和人事管理工作；按照管理權限，承辦事業單位專業技術崗位設置方案的核準或備案事宜；參與事業單位分類改革和行業體制改革工作；指導、協調全市事業單位推行人員聘用制度工作；擬訂事業單位人員公開招聘、培訓等政策並組織實施；會同有關部門編制事業單位人員年度招聘計劃並組織實施，協調事業單位政策性人員安置工作，承辦事業單位人員流動事項；負責事業單位工作人員年度考核工作；指導全市機關事業單位工人技術等級的定級、考核和晉升工作；會同有關部門組織實施市級機關、事業單位政府購買服務崗位用工管理工作。
（九）專業技術人員管理科（市職稱工作領導小組辦公室）
綜合管理全市專業技術職稱工作，承辦深化職稱制度改革事宜，承辦各類職稱評審的組織指導業務工作，擬訂全市專業技術人員繼續教育政策並組織實施，承辦任職資格聘任、管理工作，指導和監督全市專業技術人員資格考試工作；承辦全市有突出貢獻中青年專家和享受政府特殊津貼人員的選拔、申報及管理服務工作；負責博士後科研工作站的申報和管理工作；承擔市職稱工作領導小組辦公室的具體工作。
（十）工資福利科（離退休人員管理科）
負責全市機關、事業單位工作人員工資福利和離退休人員生活待遇管理工作；貫徹國家和省關於機關、事業單位工作人員工資、津貼、獎金、福利政策規定並組織實施；承辦全市機關、事業單位和省駐如單位（受委托）的工資、津貼、福利和有關獎金待遇的核準工作；承辦機關、事業單位工作人員工齡計算和參加工作時間的核定工作；負責全市機關、事業單位及駐如省屬單位工資總額管理工作；負責制訂貫徹國家公務員和事業單位工作人員退休、退職的有關規定的具體辦法並組織實施；按照幹部管理權限，具體辦理全市機關和事業單位工作人員離休、退休、退職核準和服務工作。
（十壹）養老保險科（農村社會養老保險科）
擬訂全市養老保險（包括企業職工、機關事業和農村社會養老保險、被征地農民基本生活保障資金）的政策、規劃和實施辦法並組織實施；擬訂全市養老保險基金征繳和管理政策，規範養老保險個人賬戶管理辦法並監督實施；貫徹實施企業職工退休政策，執行省企業職工退休領取基本養老金的資格條件和支付養老金的項目及標準，定期公布本市社會保險計發基數，管理並監督機關事業單位參保職工退休待遇的審批及全市企業職工退休審批和企業特殊工種及因病完全喪失勞動能力職工提前退休初審工作；建立全市養老保險基金預測預警制度；會同有關部門擬訂全市農村社會養老保險基金和被征地農民基本生活保障資金管理辦法；貫徹實施國家和省企業年金政策，負責全市企業年金方案的備案工作。
（十二）醫療工傷保險科
統籌擬訂全市醫療保險（包括城鎮居民基本醫療保險、補充醫療保險和國家公務員醫療補助）、生育保險社會統籌政策、規劃和標準並組織實施；擬訂全市醫療保險、生育保險基金征繳管理辦法並組織實施；組織擬訂全市定點醫療機構、藥店的醫療保險服務和生育保險、工傷保險服務管理、結算辦法及支付範圍；負責工傷認定工作；組織開展勞動能力鑒定體檢工作；選擇和確定全市定點醫療機構和定點零售藥店，對全市用人單位、定點醫療機構和定點零售藥店執行醫療保險、工傷保險及生育保險政策情況進行監督檢查；擬訂全市醫療保險、生育保險基金預測預警制度。
（十三）調解仲裁管理科（市勞動人事爭議仲裁委員會辦公室）
統籌全市勞動人事爭議調解仲裁政策並組織實施；指導全市勞動人事爭議調解工作；指導開展全市勞動人事爭議預防工作；依法指導並組織處理全市重大勞動人事爭議案件；會同相關部門指導全市企事業單位、行業、區域勞動調解組織和人民調解組織的建設和協調工作；承擔市勞動人事爭議仲裁委員會辦公室的具體工作。