基金由省（自治區、直轄市）、市、縣環境保護部門設立，分級管理，獨立核算，可以拆借使用。
基金實行有償使用，委托銀行貸款。第三條 基金從依照國務院《征收排汙費暫行辦法》征收的超標排汙費用於補助重點排汙單位治理汙染源資金中提取，提取比例在20～30％幅度內，由省、自治區、直轄市人民政府確定。
已經大部或者全部實行基金有償使用的地方，可以繼續按照原辦法執行。
歷年超標排汙費的未用部分應當全部納入基金。
貸款利息、滯納金和挪用貸款的罰息除按國家規定支付銀行手續費外，其余全部納入基金。第四條 基金的貸款對象為繳納超標排汙費的企業。第五條 基金的使用範圍：
（壹）重點汙染源治理項目；
（二）“三廢”綜合利用項目；
（三）汙染源治理示範工程；
（四）為解決汙染，實行並、轉、遷企業的汙染源治理設施。第六條 在基金的貸款對象和基金的使用範圍內，具備以下條件的企業，可以向環境保護部門申請使用基金；
（壹）按規定繳納超標排汙費；
（二）項目經過可行性研究，切實可行；
（三）自籌資金占壹定比例；
（四）具備償還貸款能力。第七條 具備本辦法第六條規定的條件，又屬下列情況之壹的，應予優先貸款：
（壹）限期治理項目；
（二）汙染嚴重、亟待治理的項目；
（三）自籌資金占投資總額60％以上的項目。第八條 基金由環境保護部門統壹管理，會同財政部門下達貸款計劃。財政部門根據貸款計劃從解繳入庫的超標排汙費中按季撥入環境保護部門在銀行開立的“基金專戶”。第九條 申請貸款的企業必須填寫《汙染源治理專項貸款申請表》，並附可行性研究報告等文件，經企業主管部門預審，環境保護部門委托銀行核實償還能力後，由環境保護部門審批。
企業主管部門，也可以根據本行業實際情況，預審各所屬企業的貸款申請後，統壹向環境保護部門申請使用基金，並按環境保護部門批準的各企業貸款數額安排使用。第十條 貸款申請經環境保護部門批準後，貸款企業與銀行簽定協議，銀行根據雙方協議按期如數發放貸款。
銀行按規定監督貸款的使用，催收本息，並按季向財政、環境保護部門報送貸款發放、回收報表。第十壹條 貸款期限不得超過三年。貸款月利率壹年期為2．4‰，二年期為2．7‰，三年期為3．0‰。利息按季結清。第十二條 建設項目正式投產或者使用前，貸款企業必須向負責審批貸款的環境保護部門提交“汙染源治理項目竣工驗收報告”。經驗收合格的，環境保護部門可以對貸款企業豁免壹定數額的貸款本金。豁免的數額壹般不高於其歷年納入基金總額扣除歷次豁免額後的余額。第十三條 貸款本息除本辦法第十二條規定可以豁免的部分外，可以用下列資金償還：
（壹）自有資金：國營企業的更新改造資金、生產發展基金，集體企業的公積金、合作事業基金和更新改造資金等自留自用資金；
（二）“三廢”綜合利用利潤留成；
（三）上級撥給的汙染源治理資金。
企業還款數額較大、全部使用上款規定的資金還款確有困難的，經當地財政部門批準，從項目投產使用之日起，可按貸款項目正式投產前壹年度繳納超標排汙費的方式和數額逐年還貸，但從貸款之日起最長不得超過三年。第十四條 貸款企業要求變更或者解除貸款協議，應當通知銀行，並報原審批貸款的環境保護部門批準。第十五條 貸款企業應當按期償還貸款、結算本息。逾期未還的，銀行有權限期扣回，並按貸款最高月利率3．0‰收取利息，同時按月利率1．5‰加收罰息。第十六條 貸款企業挪用貸款的，銀行有權收回部分或者全部貸款。對挪用部分，按貸款最高月利率3．0‰收取利息，並按月利率6．0‰加收罰息。對直接責任者及企業負責人，由其所在單位或者上級主管機關給予行政處分；構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。第十七條 環境保護部門工作人員，玩忽職守、徇私舞弊的，由其所在單位或者上級主管機關給予行政處分；構成犯罪的，由司法機關依法追究刑事責任。