(1)辦公室。
制定辦公室工作制度，負責消息運作、會議組織、新聞發布、政務信息、督查督辦等日常政務工作；管理機關的行政事務；接待群眾來信來訪；負責管理部門和機構的行政和財務支出。
(2)人事教育司。
負責機關及直屬單位的機構編制、幹部人事管理、勞動工資、社會保障和出國人員選拔工作；指導全省商業系統職工教育培訓工作。
(3)政策法規研究室。
負責宣傳和貫徹國家有關國內外貿易、國際經濟合作和外商投資的法律法規；組織起草本省有關地方性法規；負責研究協調全省重大經貿協議、合同、章程和重大糾紛；研究分析省內外貿易流通、國際經濟合作、吸引外資和管理體制改革情況，對重大問題提出意見和建議；負責起草重要的綜合性文件和報告；承辦行政復議和行政訴訟。
(4)計劃財務部。
研究制定全省國內外貿易和國際經濟合作的中長期規劃，匯總提出年度控制目標；負責全省內外貿和對外經濟合作運行情況的監測和分析；編制、監督和管理各類國內外貿易和國際經濟合作業務基金、專項基金和基礎設施投資計劃；負責全省國內外貿易和國際經濟合作的統計及其信息發布；監督管理辦公室直屬單位國有資產運營情況；負責辦公室財務費用的使用和直屬單位的內部審計監督。
(5)東北亞辦事處。
研究擬定全省對朝鮮、韓國、日本、蒙古貿易的發展規劃、政策和措施；引導省內企業開發對韓、對韓市場，促進本地區進出口貿易和國際經濟合作的發展；指導和管理對朝邊境貿易；負責申報對朝邊境小額貿易經營權；協調有關部門改善對朝邊境貿易環境。
(6)歐美。
貫徹國家制定的對歐美國家(地區)的經貿政策，提出對歐美國家(地區)經貿合作的規劃、政策和措施；對歐美國家(地區)實施市場多元化戰略；組織協調我省與歐美國家(地區)的經貿交流活動，促進我省進出口貿易和本地區國際經濟合作的發展；負責指導和管理全省對俄邊境貿易。
(7)亞非和大洋洲司。
貫徹國家制定的與亞洲、非洲、大洋洲國家(地區)的經貿政策，提出與亞洲(南亞、中亞、西亞，下同)、非洲、大洋洲國家(地區)經貿合作的規劃、政策和措施；對亞洲、非洲和大洋洲國家(地區)實施市場多元化戰略；組織協調我省與亞洲、非洲、大洋洲國家(地區)的經貿往來，促進我省在本地區進出口貿易和國際經濟合作的發展。
(8)臺港澳及東南亞地區。
貫徹執行國家對香港、澳門特別行政區和臺灣省的經貿政策和法規；組織與港澳的經貿交流與合作；協調和指導我省對臺貿易。負責提出我省與東南亞特別是東盟國家的經貿合作規劃、政策和措施，促進我省與東盟國家在貿易進出口、投資和經濟技術交流等方面的合作。
(9)國際經濟貿易關系和經濟援助司。
執行國家多邊經貿政策；參加多邊對外經濟貿易談判、國際服務貿易談判和國際經濟貿易條約、協定；承辦聯合國等國際組織與我省經濟技術合作有關的管理事務；負責國家簽署的國際經濟貿易條約和協定在我省的實施；爭取聯合國機構和外國政府在我省的多邊和雙邊無償援助項目，並負責後期協調、監督和管理；負責我省企業對外經濟技術援助項目的申報和後期管理；聯系我國駐外使(領)館和外國駐我省商務機構的商務咨詢處(室)。
(10) WTO辦公室(WTO通知咨詢辦公室)。
負責加入WTO後全省商務系統的應對工作；組織世貿組織規則及相關知識的宣傳和培訓；負責全省有關貿易投資法規和政策的對外通報和咨詢；負責與我省加入世貿組織有關的研究、指導和服務工作；組織研究我省涉及WTO的重大問題，提出意見和建議。
(11)對外貿易辦公室。
參與制定全省進出口商品的中長期規劃和相關政策；編制並組織實施全省壹般貨物進出口年度控制計劃；負責進出口商品配額和許可證的管理；負責各類企業外經貿資質和國際貨運代理資質的審查和年檢；指導省內外各類展銷會、交易會等貿易促進活動。
(十二)機電產品進出口辦公室(吉林省機電產品進出口辦公室)。
制定並實施全省機電產品進出口中長期發展規劃和年度指導性計劃；貫徹落實國家機電產品進出口、成套設備出口和加工貿易的政策措施，推進機電產品出口生產體系建設；機電產品進出口統計分析；制定進口機電產品和成套設備的招標規則和管理辦法並組織實施。
(13)科技發展與技術貿易處。
制定並實施全省技術貿易發展規劃和年度指導計劃；貫徹執行國家技術貿易政策法規、鼓勵技術出口政策和國家出口管制政策；推進科技興貿戰略；管理技術和高新技術產品的出口和技術引進；負責技術進出口的統計工作。
(14)市場體系建設部。
研究制定完善和規範全省流通領域市場體系的政策法規，協調有關打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的工作；研究提出引導省內外資金投入市場體系建設的政策，引導城市商業體系建設，促進農村市場體系建設；指導大宗產品批發市場規劃；組織制定市場體系標準，推進商品流通市場規範化建設；按照有關規定對拍賣、典當、租賃和舊貨流通活動進行監督管理。
(15)業務改革與發展司。
擬定全省現代流通服務業發展戰略、行業規劃和相關政策並組織實施；貫徹國家優化流通產業結構、深化流通體制改革的方針政策，擬定連鎖經營、物流配送等現代流通方式的發展規劃，並組織實施；組織開拓城鄉市場；指導流通企業改革；按照有關規定對全省成品油流通進行監督管理。
(16)市場運行調節辦公室。
監測分析全省市場運行和商品供求情況，負責市場預測、預警和信息發布，研究提出進出口調控建議；負責重要消費品(肉、糖等)的管理和市場調節。)儲備，並配合有關部門組織實施“菜籃子”商品流通規劃；指導報廢汽車管理和再生資源回收工作；負責繭絲綢協調和生豬屠宰管理。
(17)服務業發展部。
組織實施餐飲、住宿等服務業的國家行業標準、市場規則以及技術和服務質量標準；研究提出本地區餐飲、住宿等服務業的管理規範並組織實施；組織和協調日本料理的開發和推廣；負責本行業安全生產的管理和監督。
(18)投資促進辦公室。
參與制定本省外商投資中長期發展規劃，制定和實施本省外商投資政策；歸口管理全省對外招商引資工作，組織全省重大對外招商活動；推介外商投資項目，促進外商投資項目的實施；根據授權，負責外商投資企業設立的審批或申報；指導省內外商投資企業合同、章程的審批；承擔省利用外資領導小組辦公室的日常工作。
(十九)外商投資管理辦公室。
指導和管理在本省設立的外商投資企業相關業務的審批和進出口；審批外商投資企業有關項目合同、章程和法律特別規定中低於國家規定限額且不需綜合平衡的重大變更(增資減資、股份轉換、合並)；監督檢查外商投資企業執行有關法律、法規和合同章程的情況，協調解決有關問題；負責對外投資統計；負責協調和參與全省利用外資環境的改善和建設。
(20)對外經濟合作辦公室。
研究制定全省對外經濟合作的政策和規章制度；管理全省對外承包工程、勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務；負責省內企業(金融企業除外)和對外經濟合作企業經營資格的審批、申報和監督管理；負責全省外商直接投資的統計工作。
(二十壹)進出口公平貿易與產業損害調查辦公室。
指導和協調國外對我省反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；承辦我省涉及案件的反傾銷、反補貼、保障措施等產業損害調查；建立全省產業損害預警機制和貿易摩擦監測體系；指導和協調省內有關部門和相關中介組織的工業安全工作。
(22)信息辦公室。
擬定本省內外貿、國際經濟合作和吸引外資領域的信息化建設規劃和相關管理措施並組織實施；制定利用電子商務開拓國內外市場的相關政策措施；負責進出口預警、市場運行和商品供求監測系統的電子信息網絡建設；負責電子政務和網站管理。
(二十三)吉林省口岸辦公室。
負責全省口岸開放規劃和開放口岸的審查申報；協調處理口岸工作中的重大問題；會同有關部門審查港口及配套設施建設投資計劃；組織實施新開港口設施和老港口改造；協調全省口岸相關工作。
(二十四)老幹部。
負責機關離退休人員的管理和服務；指導直屬單位退休人員的管理和服務工作。
機關黨委。負責本部門和直屬單位的黨群工作。