學校現在有壹個二級學院。
海事學院
航海學院於2010+11經上級批準成立。學院設有航海技術、輪機工程技術、國際郵輪船員三個專業。學制三年，專任專業教師48人，兼職教師18人，其中雙師型教師占90%以上，三年來在校全日制學生2300余人。為適應國家經濟建設、國防建設和科技發展的需要，航海學院不斷深化專業內容、課程設計和課程體系改革，堅持走“理論聯系實際”之路，在保持專業特色的基礎上，不斷深化專業內涵建設。科學院航海研究所是海上運輸領域船員教育的標準研究所。航海實驗實訓教學中心由院校雙方共同管理，是以航海實驗實訓為主，涵蓋多學科、多專業的綜合性實驗實訓中心。中心的教學組織、設備管理、實驗團隊建設均按照ISO9001質量管理體系文件要求進行，並接受DNV(挪威船級社)和國家海事局的審核。目前，該中心主要針對五個層次的航海類學生:專科生、高級船員培訓生、非航海類高級船員培訓生、單招生、繼續教育專科生、普通船員。學院嚴格按照《國際航行船舶海員專業英語考試發證辦法》組織學生進行英語教學，培養符合國際航行船舶海員要求的專業人才。
信息工程學院
信息工程學院成立於2008年，是我校最早成立的院系之壹。學院根據學校服務地方、培養應用型人才的定位，不斷調整專業設置，加強課程建設，深化教學改革。學院從原來的1專業發展到現在的4個專業，課程也從原來的1校級精品課程發展到現在的5門校級精品課程。目前有校級計算機實驗教學示範中心、移動通信技術(研究)中心、網絡與信息安全技術(研究)中心等教學科研機構，為我院未來的學科發展和專業設置調整創造了良好的基礎。目前，我院專業結構和布局基本合理，緊貼國際旅遊島IT主導產業需求。在校級重點專業和重點學科的支持下，教學條件逐步改善，教學質量穩步提高，學科和專業發展逐步步入良性軌道。
經濟與管理學院
國際旅遊與經濟管理學院是2010年8月由原經濟管理學院、外國語學院、物流學院整合而成的二級學院。學院設有工商管理、市場營銷、會計、旅遊管理、酒店管理、物流管理、報關、國際貨運七個專業。學院設有旅遊教研室和金融教研室，由具有豐富教學管理經驗的專家教授擔任負責人。學院設立了現代物流開放實訓中心、會計電算化實訓室、會計手工會計實訓室、導遊技能實訓室、ERP沙盤實訓室、酒店客房、餐飲實訓室。有2個機房，19多媒體教室。現有教職工76人(含兼職和社會兼職教師及高級技師)，其中教授、副教授、高級會計師、高級經濟師、高級技師、高級經理、高級物流工程師23人。有3年以上大型企業實際管理經驗的“雙師型”教師37人；我院師資隊伍既能保證各門課程的教學質量，又能充分滿足學生實訓操作指導的需要，保證了各專業人才培養計劃的實現；培養的高端技能型、應用型人才深受企業歡迎，被企業譽為“有用、留得住、可靠”。
建築工程研究所
土木建築學院是在國家決定將海南省建設成為國際旅遊島的背景下誕生的，是海南科技職業學院的六大學科群之壹。有建築設計技術、建築裝飾工程技術、建築工程技術、工程造價四個專業。設有房屋建築實訓室、工程測量實訓室、工程制圖實訓室、工程造價軟件室等多個實訓室。有壹支結構合理、素質較高的專兼職教師隊伍。現有教授7人，副教授10人，講師6人，碩士生10人，博士生2人，雙師型教師13人。質量工程建設取得重大進展。建設了壹批精品課程，建設了壹支優秀的教學團隊和工程造價專業。為加強學生實踐能力的培養，學院與海南建築工程總公司、海南壹建二建、廣西四建海南分公司、海南百佳興監理公司、江西工程機械建設有限公司等十幾家省內外大型建築工程公司、工程造價公司、工程監理、工程咨詢公司建立了長期合作辦學聯系，為學生實習、實訓、實習創造了良好條件，為培養建築工程高級技術技能應用型人才奠定了堅實基礎。
生物與化學工程學院
生物與化學工程學院成立於2008年，現有石油化工生產技術、生物制藥技術、精細化學品生產技術三個專業。擁有壹支結構合理、專業基礎雄厚的教師隊伍。現有教授7人，副教授7人，講師12人，具有高級工程師、技師、工程師職稱的教師11人。其中博士生導師3人，碩士生導師2人，博士4人，12碩士7人。省級名師1名，校級名師2名。2013、2014、2015連續三年被評為學校師德師風建設先進集體。
學院教學設備設施完善，總建築面積近萬平方米，儀器設備2186臺套，價值780多萬元。目前已建成煉油常減壓蒸餾模擬工廠、油品分析實訓室、化工單元操作實訓室等7個實訓室。2011年8月，人力資源和社會保障部批準成立“化工職業技能鑒定站”，具有“化工分析員”等22個工種的職業鑒定資格，是海南省唯壹的“化工行業特有工種職業技能鑒定站”。常年面向社會和學生進行職業技能鑒定，2014年度被評為全國職業技能鑒定先進單位。從2015開始申請石化產品質量檢驗認證資質。建成後將為海南石化企業進行產品檢驗等服務。
藝術與設計學院
藝術設計學院是海南科技職業學院的二級學院。隨著藝術學院的不斷發展，* * *擁有專任教師15人，其中副高級職稱以上教師3人，研究生中級職稱教師4人，雙師型教師14人，講師4人；學院建有8個校內實驗實訓室和6個校外實訓基地；
為提高大學生學歷，於20110年6月與海南大學成功開設藝術設計專業本科。學生入學後可報名專科，考試合格後可獲得海南大學本科畢業證和學位證。
學院專業為:統招專業5個(廣告設計與制作、藝術設計、動漫設計與制作、旅遊工藝品設計、工程造價)；三本自考專業(視覺傳達設計、服裝設計)
太陽能工程學院
目前，太陽能工程學院太陽能光伏應用技術專業在校生300余人，教職工18人，其中教授5人(其中博士生導師1人)。具有中級以上職稱的研究生比例超過總人數的80%。此外，學院還擁有五個基礎課和專業課先進實驗室，五個多媒體教室和兩個校外實驗實訓基地。優良的辦學條件為我院教學科研的順利進行奠定了堅實的基礎。
大學課程分為基礎課、專業基礎課和專業課。根據用人單位人才規劃要求，包括:大學物理、電工學、機械制圖、數字電子技術、模擬電子技術、PLC控制器原理與應用、光學材料與原理、半導體物理與器件、材料科學概論、太陽能利用技術、光伏系統概論、材料加工CAD、太陽能光伏電池及應用、太陽能光熱應用技術、太陽能光伏發電技術。
學院的專業有:太陽能光伏應用技術；光伏材料的應用及加工技術；
機電工程學院
機電學院現有學生1，000余人，教職工50人，其中具有高級職稱的教師18人。現擁有機器人競賽實訓室、金工實訓室、產品展示實訓室、數控仿真實訓室、三維掃描與快速成型實訓室、氣焊實訓室、電焊實訓室、模具拆卸實訓室、制圖實訓室等32個實驗實訓基地。
學院的專業有:機械設計與制造、數控技術、模具設計與制造、汽車檢測與維修、機電壹體化、應用電子技術。壹種稀土芳香羧酸有機配合物及其制備方法
浸漬法制備負載型鐵基復合催化劑的方法
壹種四元稀土有機配合物及其制備方法
壹種甲醇制低碳烯烴的催化劑及其制備方法
壹種無機並五苯化合物半導體材料及其制備方法
用於生物油合成的酸化固體催化劑的制備方法
超臨界法酸化固體催化制備生物柴油的方法
“廢聚酯的解聚方法”和“中國民辦高校融資研究”
網絡環境下移動設備在線學習的有效模式研究
職業技能競賽對職業教育發展的影響研究
新型非晶矽太陽能電池的制備研究
甲醇柴油的生產及應用研究
基於完善法人治理結構、有效管理和大學生權益保護的民辦高校章程建設
民辦高校需要好校長
職業技能競賽對職業教育發展的影響研究
國家社科基金面上項目:中國企業總會計師制度改革研究。
海南國際旅遊島港口建設研究